...
- pruža prikladno sučelje naredbenog retka za provjeru proteina mamca u odnosu na mnoge kandidate, izračunavanje parnih usporedbi svih naspram svih, testiranje alternativnih homo-oligomernih stanja i modeliranje različitih dijelova većeg kompleksa
- odvaja CPU faze (MSA i generiranje značajki predloška) od GPU faza (stvarno modeliranje)
- omogućuje modeliranje fragmenata proteina bez ponovnog izračuna MSA i zadržavanje izvornog numeriranja ostataka pune duljine u modelima
- sažima rezultate u CSV tablici s AlphaFold rezultatima, pDockQ i mpDockQ, PI-rezultatima i raznim fizičkim parametrima sučelja
- pruža Jupyter bilježnicu za interaktivnu analizu PAE dijagrama i modela
Verzije
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 0.30.7 | scientific/alphapulldow/0.30.7 |
Službena dokumentacija
...
Testni podaci: https://github.com/KosinskiLab/AlphaPulldown/blob/main/example_data/example_1_sequences_shorter.fasta
- walltime:
- Broj proteina: 20
- ncpus=8 je postaljen zato što je alphafold zadan na 8 procesa u skripti
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#PBS -N alphapulldown-MSA
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=8:mem=40GB
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/alphapulldown/0.30.7
apptainer.sh create_individual_features.py --fasta_paths=baits.fasta,example_1_sequences_shorter.fasta --data_dir=$ALPHADB --save_msa_files=False --output_dir=out --use_precomputed_msas=False --max_template_date=2023-11-11 --skip_existing=False |
...