...
- Broj proteina: 20
- ncpus=8 je postvaljen zato što je alphafold zadan na 8 procesa u skripti
- moguće pokrenuti MSA dio sa mmseqs: --use_mmseqs2=True(verzija 1.0.4)
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#PBS -N alphapulldown-MSA #PBS -q cpu #PBS -l select=1:ncpus=8:mem=40GB cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/alphapulldown/0.30.7 alphapulldown.sh create_individual_features.py --fasta_paths=baits.fasta,example_1_sequences_shorter.fasta --data_dir=$ALPHADB --save_msa_files=False --output_dir=out --use_precomputed_msas=False --max_template_date=2023-11-11 --skip_existing=False |
...