...
| Tip |
|---|
Zbog nemogućnosti Open MPI-ja da iskoristi puni potencijal Slingshot mreže, preporučljivo je aplikaciju zadržati unutar granica jednog čvora, koristeći:
|
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti sa 16 MPI procesa.
| Warning |
|---|
Postavke ORCA simulacije, koje uključuju i broj procesorskih jezgri te radne memorije, definiraju se u ulaznoj ORCA Budući da aplikacija ne komunicira direktno s PBS sustavom, važno je osigurati da količina resursa u toj datoteci odgovara količini zatraženih resursa u zaglavlju PBS skripte kako ne bi došlo do diskrepancije. |
| Warning |
|---|
ORCA-ina varijabla Međutim, program može i zauzeti više od toga pa se savjetuje koristiti broj koji je oko 75% zatražene memorije (po selectu) u zaglavlju PBS skripte. |
Broj procesorskih jezgri ili radne memorije u ulaznu (.inp) datoteku možete unijeti ručno.Niže je jednostavan primjer PBS skripte koja će modificirati vašu ulaznu datoteku (pod pretpostavkom da u istu već niste unijeli %PAL liniju za paralelno izvođenje)
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti sa 16 MPI procesa.
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -q cpu #PBS -l select=16:mem=5000mb #PBS -l place=pack cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/orca/5.0.4 # Prilagodi input datoteku za paralelno izvodjenje sed -i "2i %PAL NPROCS $(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) END" hydrolysis.inp # Poziv aplikacije ${ORCA_ROOT}/orca hydrolysis.inp # Resetiraj input datoteku sed -i "2d" hydrolysis.inp |
Primjer ORCA input skripte (bez %PAL linije za paralelno izvođenje).
${ORCA_ROOT}/orca hydrolysis.inp |
Prije pokretanja skripte, nužno je prilagoditi input datoteku:
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
!B3LYP DEF2-SVP D4 NEB-TS
%pal nprocs 16 end
%maxcore 3750
%NEB
NEB_END_XYZFILE "products.xyz"
PREOPT_ENDS TRUE
END
* XYZfile 0 1 reactants.xyz |
Kao jednostavnija alternativa, izrađena je skripta runorca.mpi s dvije opcije, odnosno koja prima dva argumenta:
- input datoteku (obavezno)
- vrijednost MaxCore varijable (izražene u MB) (opcionalno, odnosno neobavezno)
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -q cpu
#PBS -l select=16:mem=5000mb
#PBS -l place=pack
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/orca/5.0.4
runorca.mpi --input hydrolysis.inp --maxcore 3750 |
Skripta će prije pokretanja ORCA-ine izvršne datoteke izmijeniti input u skladu sa zaglavljem i traženom MaxCore vrijednošću, pa %pal i %maxcore sekcije možete izostaviti iz "izvorne" input datoteke.
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
!B3LYP DEF2-SVP D4 NEB-TS %NEB NEB_END_XYZFILE "products.xyz" PREOPT_ENDS TRUE END * XYZfile 0 1 reactants.xyz |