...
Način Salmona koji se temelji na kartiranju odvija se u dvije faze; indeksiranje i kvantificiranje. Korak indeksiranja neovisan je o čitanjima i potrebno ga je pokrenuti samo jednom za određeni skup referentnih prijepisa. Korak kvantifikacije je očito specifičan za skup očitavanja RNA-seq i stoga se izvodi češće.
Verzije
Verzija | Modul |
---|---|
1.10.0 | scientific/salmon/1.10.0 |
Službena dokumentacija
https://salmon.readthedocs.io/en/latest/index.html
...
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
#PBS -N index
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=20
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/salmon/1.10.0
salmon index -t gentrome.fa.gz -d decoys.txt -p $NCPUS -i salmon_index --gencode |
...