...
Verzija | Modul |
---|---|
2.0.6 | bioinfo/EUkulele/2.0.6 |
Korištenje
Info |
---|
EUKulele po defaultu koristi sve dostupne dretve. S toga je potrebno ga staviti na cijeli čvor. Nije još razrješeno u izvornom kodu da koristi određen broj dretvi. Kad mu se zada, on svejedno zauzme sve. Postoji 2 načina pokretanja, pomoću skripte i izravnih naredbi. Ovisno o opciji baze podataka za korištenje, EUKulele će pokušati skinuti bazu lokalno. Zbog velike količine podataka skinuli smo ih sve i putanja je spremljena u $REF_DAT. Molimo da koristite pravilno tu putanju. Potrebno je odrediti argumenate kako bi EUKulele uspješno očitao referentne podatke: Npr. --database mmetsp --tax_table taxonomy-table.txt --protein_extension .faa --protein_map prot-map.json --ref_fasta reference.pep.fa --reference $REF_DAT/mmetsp --CPUs $NSLOTS |
Popis baza podataka:
Baza | Putanja |
---|---|
eukprot | $REF_DAT/eukprot |
mmetsp | $REF_DAT/mmetsp |
phylodb | $REF_DAT/phylodb |
eukzoo | $REF_DAT/eukzoo |
...
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#!/bin/sh #$ -N EUkulele_run #$ -pe *mpisingle 2810 #$ -cwd #$ -R y module load bioinfo/EUkulele/1.0.2 EUKulele --config curr_config.yaml |
...
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
alignment_choice: diamond
choose_parallel: parallel
column: SOURCE_ID
consensus_cutoff: 0.75
create_tax_table: 1
cutoff: tax-cutoffs.yaml
database: mmetsp
download_reference: 0
individual_or_summary: individual
jobname: test
mets_or_mags: mags
names_to_reads: 0
nucleotide_extension: .fna
organisms:
- Phaeocystis;antarctica
original_tax_table: taxonomy-table.txt
original_taxonomy: taxonomy-table.txt
output: out
protein_extension: .faa
protein_map: protein-map.json
ref_fasta: reference-pep-trunc.pep.faa
reference: reference_DIR
force_rerun: 1
salmon_dir: 0
samples: samples_MAGs
scratch: scratch
subroutine: all
tax_table: tax-table.txt
taxonomy_organisms:
- species
transdecoder_orfsize: 100
use_salmon_counts: 0
CPUs: $NSLOTS |
Bez skripte:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#!/bin/sh #$ -N EUkulele_run #$ -pe *mpisingle 2810 #$ -cwd #$ -R y module load bioinfo/EUkulele/1.0.2 EUKulele --sample_dir samples_MAGs -m mags --database mmetsp --tax_table taxonomy-table.txt --protein_extension .faa --protein_map prot-map.json --ref_fasta reference.pep.fa --reference $REF_DAT/mmetsp --CPUs $NSLOTS |