...
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 12.0.26 | bioinfo/EUkulele/2.0.6 |
Korištenje
| Info |
|---|
EUKulele po defaultu koristi sve dostupne dretve. S toga je potrebno ga staviti na cijeli čvor. Nije još razrješeno u izvornom kodu da koristi određen broj dretvi. Kad mu se zada, on svejedno zauzme sve. Postoji 2 načina pokretanja, pomoću skripte i izravnih naredbi. Ovisno o opciji baze podataka za korištenje, EUKulele će pokušati skinuti bazu lokalno. Zbog velike količine podataka skinuli smo ih sve i putanja je spremljena u $REF_DAT. Molimo da koristite pravilno tu putanju. Potrebno je odrediti argumenate kako bi EUKulele uspješno očitao referentne podatke: Npr. --database mmetsp --tax_table taxonomy-table.txt --protein_extension .faa --protein_map prot-map.json --ref_fasta reference.pep.fa --reference $REF_DAT/mmetsp |
Popis baza podataka:
| Baza | Putanja |
|---|---|
| eukprot | $REF_DAT/eukprot |
| mmetsp | $REF_DAT/mmetsp |
| phylodb | $REF_DAT/phylodb |
| eukzoo | $REF_DAT/eukzoo |
Sa skriptom:
Primjer je skinut sa https://eukulele.readthedocs.io/en/latest/tutorial.html
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#!/bin/sh #$ -N EUkulele_run #$ -pe *mpisingle 28 #$ -cwd #$ -R y module load bioinfo/EUkulele/1.0.2 EUKulele --config curr_config.yaml |
...
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#!/bin/sh #$ -N EUkulele_run #$ -pe *mpisingle 28 #$ -cwd #$ -R y module load bioinfo/EUkulele/1.0.2 EUKulele --sample_dir samples_MAGs -m mags --database mmetsp --tax_table taxonomy-table.txt --protein_extension .faa ---config curr_config.yaml protein_map prot-map.json --ref_fasta reference.pep.fa --reference $REF_DAT/mmetsp |