Page History

...

Quantum ESPRESSO je računalno-kemijska aplikacija koja je optimizirana za simulacije u fizici čvrstog stanja. Temelji se na teoriji funkcionala gustoće, a koristi se ravninskim valovima (engl. plane wave) koji se koriste za opisivanje ponašanja elektrona u čvrstom stanju.

...

#PBS -N run-pw
#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:ncpus=4
#PBS -N pw

MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/qe/7.1-gnu

mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth pw.x -i calcite.in

MPI

Ukoliko Ako aplikaciju ne želite dijeliti aplikaciju u OpenMP threadove, možete koristiti paralelizaciju isključivo na razini MPI procesa.

...

#PBS -N run-pw
#PBS -q cpu
#PBS -l select=32:ncpus=1
#PBS -N pw

MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/qe/7.1-gnu

mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth pw.x -i calcite.in

OpenMP

Ukoliko Ako aplikaciju želite dijeliti isključivo u OpenMP threadove, morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da u ovom slučaju aplikacija radi s dijeljenom memorijom.

...

#PBS -N run-pw
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=32
#PBS -N pw

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/qe/7.1-gnu

pw.x -i calcite.in

GPU

...

Single GPU

Aplikacija može koristiti jedan grafički procesor koji se definira SGE opcijom ngpus, a koja će u okolinu izvesti varijablu CUDA_VISIBLE_DEVICES, čija će vrijednost biti UUID grafičkog procesa procesora koji Vam je sustav dodijelio.

Broj CPU jezgri definira se putem OpenMP dretvi, odnosno u zaglavlju SGE skripte odabirom vrijednosti ncpus.Pritom je važno da zatražite jedan računalni čvor tj. select=1, budući da u ovom slučaju aplikacija radi s dijeljenom memorijom.

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s jednim grafičkim procesorom i 4 CPU jezgre.

...

#PBS -q gpu
#PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=4
#PBS -N run-pw

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/qe/7.1-nvhpc

pw.x -i calcite.in

...