| Table of Contents |
|---|
Opis
ORCA je računalno-kemijska aplikacija općenitog tipa koji nudi širok raspon metoda.
ORCA je zatvorenog koda i dolazi s Open MPI implementacijom MPI-ja.
Verzije
| Verzija | Modul | Podrška | Paralelizacija | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|---|---|
| 4.2.1 | scientific/orca/4.2.1 | CPU | Open MPI *3 |  | |
| 5.0.3 | scientific/orca/5.0.3 | CPU | Open MPI *4 | | |
| 5.0.4 | scientific/orca/5.0.4 | CPU | Open MPI *4 | ||
| 5.0.4 | scientific/orca/5.0.4-openmpi5 | CPU | Open MPI 5 | |
| Note |
|---|
ORCA dolazi u obliku prekompajliranih izvršnih datoteka koje se povezuju na Open MPI knjižnice. |
Službena dokumentacija
- https://www.orcasoftware.de/tutorials_orca/#
- https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal
- ORCA 5.0.4 priručnik
Primjeri korištenja na Supeku i Padobranu
| Tip |
|---|
| ORCA-u možete koristiti na jednak način na oba resursa. |
| Warning |
|---|
Zbog nemogućnosti starijih verzija Open MPI-ja da iskoristi iskoriste puni potencijal Supekove Slingshot mreže, odnosno nemogućnosti širenja van jednog čvora u slučaju Padobrana, potrebno je aplikaciju zadržati unutar granica jednog čvora, koristeći PBS opciju:
To nije slučaj kod modula |
| Warning |
|---|
ORCA-ina varijabla Međutim, program može i zauzeti više od toga pa se savjetuje koristiti broj koji je oko 75% zatražene memorije (po selectu) u zaglavlju PBS skripte. |
Pokretanje s ${ORCA_ROOT}/orca
Broj procesorskih jezgri ili radne memorije u ulaznu (.inp) datoteku možete unijeti ručno.
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti sa 16 MPI procesa.
| Code Block | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
#PBS -q cpu
#PBS -l select=16:mem=5000mb
#PBS -l place=pack
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/orca/5.0.4
${ORCA_ROOT}/orca hydrolysis.inp |
Prije pokretanja skripte, nužno je prilagoditi input datoteku:
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
!B3LYP DEF2-SVP D4 NEB-TS %pal nprocs 16 end %maxcore 3932 %NEB NEB_END_XYZFILE "products.xyz" PREOPT_ENDS TRUE END * XYZfile 0 1 reactants.xyz |
Pokretanje s runorca.mpi
Kao jednostavnija alternativa, izrađena je skripta runorca.mpi
Skripta će prije pokretanja ORCA-ine izvršne datoteke izmijeniti input, odnosno njegove %pal i %maxcorelinije u skladu sa zaglavljem, odnosno definiranim brojem procesorskih jezgara i memorijom (maxcore vrijednost se automatski postavlja kao 75% mem vrijednosti po procesorskoj jezgri). Iz tog razloga, te linije možete izostaviti iz "izvorne" input datoteke.
Uz to, skripta će implementirati korištenje TMPDIR direktorija, što u slučaju Padobrana dodatno može značiti i postizanje boljih performansi.
| Code Block | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
#PBS -q cpu
#PBS -l select=16:mem=5000mb
#PBS -l place=pack
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/orca/5.0.4
runorca.mpi --input hydrolysis.inp |
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
!B3LYP DEF2-SVP D4 NEB-TS %NEB NEB_END_XYZFILE "products.xyz" PREOPT_ENDS TRUE END * XYZfile 0 1 reactants.xyz |
Skaliranje
Niže su prikazani rezultati bencmarka za tipične ORCA izračune. Korišten je sustav uobičajene složenosti, odnosno organski spoj od stotinjak atoma.
Rezultati daju grubi uvid u skaliranje aplikacije, a mogu se tumačiti kao orijentacijske vrijednosti broja procesorskih (CPU) jezgri.
| Tip |
|---|
Skalabilnost značajnije pada nakon otprilike 16 jezgri (i ponekad ranije) za sustav tipične složenosti. Daljnje povećanje procesorskih jezgri dovodi do marginalnih povećanja performansi, a učinkovitost korištenja resursa pada. Stoga se preporuča koristiti manji broj jezgri i radije pokrenuti više poslova za isti set slobodnih resursa budući da se tako koristi učinkovitije. Dugoročno korištenje većeg broja CPU jezgri povećava Vaš udio CPU walltime-a u ukupnom (klasterskom) CPU walltime-u, što negativno utječe na Vaš fairshare udio. |
! B3LYP/G 6-31G** D3BJ ENGRAD
! B3LYP/G 6-31G** D3BJ FREQ
! B3LYP/G 6-311+G** D3BJ NMR
! B3LYP/G 6-31+G** D3BJ, %tddft nroots=8 end
