...
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 2.1.1 | bioinfo/parallelfold/2.1.1 |
Parallelfold je modificirana skripta Alphafolda i služi za raščlanjivanje CPU(MSA and template searching) i GPU(prediction model) dijela.
...
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash
#$ -N parafold2
#$ -pe p28-mpi 10
#$ -cwd
module load bioinfo/parallelfold/2.1.1
run_alphafold.sh -d $ALPHAFOLDDB -o output -m model_1 -f -i fasta/actin_gallus1.fasta -p monomer_ptm -t 2021-12-15 --usegpu=False |
...
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash
#$ -N parafold2
#$ -pe gpu 1
#$ -l cores=5
#$ -cwd
module load bioinfo/parallelfold/2.1.1
GPUDEVICE=$(cat $TMPDIR/gpu)
cuda-wrapper.sh run_alphafold.sh -d $ALPHAFOLDDB -o output -m model_1 -i fasta/actin_gallus1.fasta -p monomer_ptm -t 2021-12-15 -a $GPUDEVICE -n 5 |
...