| Table of Contents |
|---|
Na klasteru Isabella dostupne su systemwide verzije pythona 2.7.5 i 3.6.8. Ukoliko je potrebna druga verzija pythona ili paket/program koji zahtjeva drugačiju verziju pythona, preporuča se korištenje python virtualnog okruženja.virtualnih okolina.
Virtualna okolina je izolirana, funkcionalna verzija pythona koja održava svoje datoteke, direktorije i putanje sa specifičnim verzijama knjižnica.
Iako postoje mnogi alati za upravljanje virtualnim okolinama (conda, venv, virtualenv, pyenv, pyenv-virtualenv...) preporučamo korištenje conde/mambe kao alat za stvaranje i upravljanje virtualnim okruženjima
Na klasteru su dostupne miniforge3 i mambaforge conda distridistribucije:
| Distribucija | Aktivacija | Package Manager | Verzija |
|---|---|---|---|
| Miniforge | source /apps/miniforge3/bin/activate | conda | 4.13.0 |
| pip | 22.1.2 | ||
| Mambaforge | source /apps/mambaforge/mamba/bin/activate | mamba | 0.27.0 |
| conda | 22.9.0 | ||
| pip | 22.1.2 |
...
Conda
Conda je alat otvorenog koda koji služi za upravljanje paketima kao i sustav za stvaranje i upravljanje virtualnim okruženjima. Conda je stvorena za Python programe, ali može pakirati i distribuirati software za bilo koji jezik (C libraries, R paketi, Java paketi...).
Conda u funkciji package manager-a pomaže korisniku u traženju i instaliranju različitih paketa. Ukoliko postoji paket/program koji zahtjeva drugačiju verziju Python-a od trenutno instalirane verzije na operativnom sistemu, Conda omogućava kreiranje odvojenog okruženja sa drugačijom verzijom Python-a.
Conda virtualno okruženje
Iako Python omogućava stvaranje i upravljanje virtualnim okruženjima, Conda virtualno okruženje ima neke prednosti. Glavni i preporučeni alat za upravljanje paketima u Python virtualnom okruženju je pip. Uporaba pip sustava je ograničena samo na Python pakete. Stvaranje virtualnog okruženja u Conda sustavu omogućava instalaciju svih paketa pa tako i korištenje pip alata kao alternativa Conda package manager-u.
Stvaranje virtualnog okruženja
Prije kreiranja virtualnog okruženja, potrebno je učitati conda-miniforge3 naredbom:
...
| Code Block |
|---|
$ conda env remove -n <env_ime> |
Conda kanali
Conda paketi dohvaćaju se sa različitih kanala - URL-a/adresa direktorija. Učitavanjem miniforge3 okoline, učitan je i kanal za pretraživanje paketa conda-forge. Conda-forge/miniforge je kreacija GitHub zajednice. Svi paketi instalirani preko conda forge kanala su Open Source tipa. Korisnik je u mogućnosti dodati još kanala za pretraživanje paketa kao npr. bioconda - kanal specijaliziran za Open Source software iz područje bioinformatike.
...