Versions Compared

Old Version 4

changes.mady.by.user Marko Hrženjak

Saved on

compared with

New Version Current

changes.mady.by.user Marko Hrženjak

Saved on

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

Code Block
languagebash
titleindeksiranje.sge
#!/bin/bash
#$ -N bwa-mem2_indeksiranje
#$ -cwd
#$ -pe p28-mpisingle 2
#$ -l memory=3540

module load bioinfo/bwa-mem2/2.2.1  

bwa-mem2 index human_g1k_v37.fasta

  •  Primjeri su preuzeti uz pomoć sra-tools


Info
titleUpotreba u slučaju velikih podataka

Pri indeksiranju potrebne su velike količine RAM-a stoga se preporuča po izračunu 28GB * N(N je veličina datoteke koja se indeksira). Koristi se -l memory=(količina memorije). Zbog velike količine radne memorije poslovi indeksiranja se šalju isključivo na p20 ili 28.



Code Block
languagebash
titlebwa-mem2.sge
#!/bin/bash
#$ -N bwa-mem2
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 16

module load bioinfo/bwa-mem2/2.2.1

bwa-mem2 mem -t $NSLOTS human_g1k_v37.fasta human_g1k_v37.fasta SRR7733443_1.fastq SRR7733443_2.fastq > d3_align.sam
Info
titleUpotreba u slučaju velikih podataka
Pri indeksiranju potrebne su velike količine RAM-a stoga se preporuča po izračunu 28GB * N(N je veličina datoteke koja se indeksira). Koristi se -l memory=(količina memorije). Zbog velike količine radne memorije poslovi indeksiranja se šalju isključivo na p20 ili 28.



Instalacija:
  • Compile je izveden sa intel/2020
...