Versions Compared
Key
- This line was added.
- This line was removed.
- Formatting was changed.
Opis
Panel | ||
---|---|---|
| ||
Salmon je alat za brzu kvantifikaciju prijepisa iz RNA-seq podataka. Za kvantificiranje je potreban skup ciljnih prijepisa (bilo iz referentnog ili de-novo sklopa). Sve što trebate za pokretanje Salmona je FASTA datoteka koja sadrži vaše referentne transkripte i (skup) FASTA/FASTQ datoteka(a) koje sadrže vaša čitanja. Po izboru, Salmon može koristiti unaprijed izračunata poravnanja (u obliku SAM/BAM datoteke) transkripata umjesto sirovih čitanja. Način Salmona koji se temelji na kartiranju odvija se u dvije faze; indeksiranje i kvantificiranje. Korak indeksiranja neovisan je o čitanjima i potrebno ga je pokrenuti samo jednom za određeni skup referentnih prijepisa. Korak kvantifikacije je očito specifičan za skup očitavanja RNA-seq i stoga se izvodi češće. |
Verzije
Verzija | Modul | Supek | Padobran |
---|---|---|---|
1.10.2 | scientific/salmon/1.10.2 |
Službena dokumentacija
https://salmon.readthedocs.io/en/latest/index.html
Primjer:
Primjer
- Alociranje 8-12 threadova za Salmon postiže najviše brzine za izračune. Odabir threadova više od 12 će rezultirati da ti threadovi budu zauzeti i neiskorišteni.
Warning | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
Zbog tehničkih poteškoća Salmon-a sa radom na Padobranu, privremeno je dopušteno korištenje samo na Supeku. | ||||||
Code Block | ||||||
| ||||||
#PBS -N index #PBS -q cpu #PBS -l select=1:ncpus=12 cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/salmon/1.10.0 salmon index -t gentrome.fa.gz -d decoys.txt -p $NCPUS -i salmon_index --gencode |
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash
#PBS -N salmon-test
#PBS -l select=1:ncpus=12:mem=20GB
#PBS -q cpu_180
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/salmon/1.10.2
salmon.sh salmon index -t athal.fa.gz -i athal_index --threads $NCPUS |