Table of Contents |
---|
...
Dostupne verzije su:
Verzija | Modul |
---|---|
6.2 | xtb/6.2 |
6.2.2 | xtb/6.2.2 |
6.3.3 | xtb/vsmp |
6.4.1 | xtb/6.4.1 |
6.5.0 | xtb/6.5.0 |
6.5.1 | xtb/6.5.1 |
6.6.0 | xtb/6.6.0 |
Primjer korištenja
Code Block |
---|
module load xtb/*verzija* |
...
O programu CREST i njegovim opcijama više na mrežnim stranicama.
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#!/bin/bash
#$ -N CREST_job
#$ -cwd
#$ -pe p28-mpisingle 4
module load xtb/6.4.1
export OMP_STACKSIZE=1G
export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS,1
export OMP_MAX_ACTIVE_LEVELS=1
crest struc.xyz -gfn2 -g h2o -T $NSLOTS |
...
U slučaju da neki od dijelova zahtjeva više memorije, program je moguće pokrenuti na ScaleMP vSMP čvoru.
Korištenje CENSO programa
CENSO se oslanja na druge zasebne programe (XTB,ORCA) te je prilagođena verzija enso programa. Na klasteru je pripremljen modul za korištenje CENSO/1.2.0 programa i vezan je uz XTB 6.4.1, CREST 2.11.1 i ORCA 5.0.2. S obzirom na prirodu programa nije moguće širenje van pojedinih čvorova te je obavezno korištenje mpisingle paralelne okoline.
Konfiguracijska datoteka .censorc nalazi se u direktoriju /apps/censo/ te je jedinstvena za sve korisnike i nije je potrebno konfigurirati za svakog korisnika. Sve opcije dostupne su kroz komandnu liniju pri opisivanju posla. Zbog ovakve konfiguracije pri pozivanju posla nužna je zastavica
-inprc /apps/censo/.censorc
Program se postavlja u korisnikovu okolinu koristeći naredbu module load censo/1.2.0
Warning | ||
---|---|---|
| ||
Za korištenje censo programa obavezno je korištenje mpisingle paralelne okoline |
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
#$ -N censo_test
#$ -cwd
#$ -pe p28-mpisingle 14
module load censo/1.2.0
censo -inp VAŠI_ULAZNI_PODACI -O 7 -P 2 -inprc /apps/censo/.censorc |
U primjeru su korištene zastavice -O i -P kako bi se raspodijeli posao pri čemu zastavica -P govori koliko paralelnih procesa se izvodi (u primjeru 2) i koliko svaki od njih koristi jezgara (7). Bitno je da umnožak -O i -P NE PRELAZI ukupan broj traženih jezgara.
Više o korištenju censo programa možete pročitati na web stranicama paketa.
Korištenje XTB paketa na ScaleMP vSMP čvoru
...