...
Verzija | Modul |
---|---|
2.0.6 | bioinfo/EUkuleleEUKulele/2.0.6 |
Korištenje
Sa skriptom:
Primjer je skinut sa https://eukulele.readthedocs.io/en/latest/tutorial.html
Bez skripte:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#!/bin/sh #$ -N EUkuleleEUKulele_run #$ -pe *mpisingle 10 #$ -cwd #$ -R y module load bioinfo/EUkuleleEUKulele/2.0.6 EUKulele --config curr_config |
Konfiguracijska skripta:
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
alignment_choice: diamond subroutine: all database: mmetsp mets_or_mags: mags nucleotide_extension: .fna original_tax_table: taxonomy-table.txt original_taxonomy: taxonomy-table.txt output: out protein_extension: .faa protein_map: prot-map.json ref_fasta: reference.pep.fa reference: ref_dir samples: sample_MAGs CPUs: $NSLOTS no_busco: 1 |
...
Info |
---|
Korištenje EUKulele iskljičivo sa skriptom, komanda linija ne prenosi argumente za CPU pravilno. Busco verzija je nekompatibilna sa radom 2.0.6 EUKulele stoga se koristi no_busco: 1 argument. Odabrana baza će se automatski skinuti ako ne postoji u lokalno direktorij, stoga nakon korištenja se treba obrisati zbog veće količine podataka. |
Instalacija
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
source /apps/mambaforge/mamba/bin/activate
mamba create -p /apps/virtenv/EUkulele/2.0.6 -c bioconda eukulele=2.0.6 |