Modulefiles
Na računalnim klasterima Supek i Padobran koristi se alat Modulefiles za podršku instalacije više različitih verzija istih programa. Za svaku verziju dostupnog programa pripremljen je modul u kojem je definirano koje varijable okoline se postavljaju prilikom aktivacije modula.
Osnovna naredba za rad s Modulefiles je module. Sve izmjene nad varijablama okoline odnose se isključivo za aktivnu sesiju, odnosno za pokrenuti posao. Stoga je module potrebno aktivirati kod svakog podnošenja posla.
Popis dostupnih modula može se dobiti naredbom:
Code Block |
---|
module avail |
Ili popis verzija za određenu aplikaciju:
Code Block |
---|
module avail scientific/gromacs |
Akiviranje modula, odnosno postavljanje potrebnih varijable okoline:
Code Block |
---|
module load ime_modula |
Izmjena aktivne verzije modula:
Code Block |
---|
module switch ime_modula nova_verzija |
Pregled svih aktivnih modula za koje je prethodno izvedena naredba load ili koji su učitani od strane drugog modula:
Code Block |
---|
module list |
Deaktivacija modula, odnosno uklanjanje varijabli okoline postavljenih od određenog modula:
Code Block |
---|
module unload ime_modula |
Deaktivacija svih modula:
Code Block |
---|
module purge |
Pregled akcija nad varijablama okoline koje određeni modul izvršava:
Code Block |
---|
module show ime_modula |
Tip |
---|
Svaki znanstveni softver koji je besplatan dostupan je akademskoj i znanstvenoj zajednici. Korisnici mogu zatražiti zahtjev za njegovu instalaciju putem kontakta computing@srce.hr |
Aplikacije
Children Display |
---|
Smjernice za dokumentaciju znanstvenih aplikacija.
Opis aplikacije - Kratki opis aplikacije(namjena, performanse, usporedba sa prijašnjim verzijama, usporedba sa sličnim aplikacijama)
Reference(opt)
Službena dokumentacija (glavna stranica aplikacije, github...)
Ime modula i verzije
Primjer slanja poslova sa schedulerom (primjer skripte, izvor datoteka korištenih za primjer)
- Napomene (količina korištenih resursa, I/O upozorenja, mogući bugovi, bitni flagovi)
- Opis dopremanja i instalacije na HPC (korištene knjižnice, prevodioci, putanje, dodatne baze...)
- Benchmarking(opt)
- Novosti od verzije do verzije(changelog sa git-a)(opt)
Grupe aplikacija
- Računalna kemija i fizika čvrstog stanja
- Molekulska dinamika
- Gromacs
- Amber
- Kvantna mehanika
- Orca
- Quantum Espresso
- xTB
- Molekulska dinamika
- Bioinformatika
- Analiza sekvenca
- BLAST
- bwa-mem2
- Sekvenciranje visoke propusnosti
- GATK
- Samtoools
- Filogenetika
- Phyllip
- Analiza sekvenca
- Geofizika
- Matematika/statistika
- Machine Learning
- Dev alati i knjižnice
- Prevodioci
- Jezici
- Knjižnice
- MPI
Baze podataka
...