...
| Verzija | Modul |
|---|
| 2.0.6 | bioinfo/EUkuleleEUKulele/2.0.6 |
Korištenje
Sa skriptom:
Primjer je skinut sa https://eukulele.readthedocs.io/en/latest/tutorial.htmlBez skripte:
| Code Block |
|---|
|
#!/bin/sh
#$ -N EUkuleleEUKulele_run
#$ -pe *mpisingle 10
#$ -cwd
#$ -R y
module load bioinfo/EUkuleleEUKulele/2.0.6
EUKulele --config curr_config
|
Konfiguracijska skripta:
| Code Block |
|---|
| language | yml |
|---|
| theme | Emacs |
|---|
| title | curr_config.yaml |
|---|
|
alignment_choice: diamond
subroutine: all
database: mmetsp
mets_or_mags: mags
nucleotide_extension: .fna
original_tax_table: taxonomy-table.txt
original_taxonomy: taxonomy-table.txt
output: out
protein_extension: .faa
protein_map: prot-map.json
ref_fasta: reference.pep.fa
reference: ref_dir
samples: sample_MAGs
CPUs: 2$NSLOTS
no_busco: 1 |
| Info |
|---|
Korištenje EUKulele iskljičivo sa skriptom, komanda linija ne prenosi argumente za CPU pravilno. Busco verzija je nekompatibilna sa radom 2.0.6 EUKulele stoga se koristi no_busco: 1 argument. Odabrana baza će se automatski skinuti ako ne postoji u lokalno direktorij, stoga nakon korištenja se treba obrisati zbog veće količine podataka. |
Instalacija
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| title | Instalacija EUKulele |
|---|
|
source /apps/mambaforge/mamba/bin/activate
mamba create -p /apps/virtenv/EUkulele/2.0.6 -c bioconda eukulele=2.0.6 |