...
Skup alata uključuje širok izbor alata, s fokusom na otkrivanje varijanti i genotipizaciju, kao i naglasak na osiguranje kvalitete podataka.
Verzije
Verzija | Modul | Supek | Padobran |
---|---|---|---|
4.4.0.0 | scientific/gatk4/4.4.0.0 |
Službena dokumentacija
- Dostupni alati: gatk-alati
- Git: https://github.com/broadinstitute/gatk
- Službena stranica: https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us
Primjer korištenja
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash
#PBS -N gatk4-HTcaller
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=10GB
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/gatk4/4.4.0.0
gatk4.sh gatk --java-options "-Xmx10G" HaplotypeCaller -R reference.fasta -I input.bam -O output.vcf |
...