Opis
Dostupne verzije i moduli
...
| Code Block |
|---|
| language | text |
|---|
| theme | Emacs |
|---|
| title | Primjer sa nextflow |
|---|
|
start_time Wed May 3 16:10:31 2023
end_time Wed May 3 18:48:48 2023 |
Primjer posla bez --nc(bez nextflowa):
| Info |
|---|
Ovaj primjer se odnosi bez konfiguracijskih datoteka, tj bez korištenja nextflow flag-a u komandi. Bez korištenja parametara posao se svojevoljno širi po čvoru i zauzima koliko može resursa, stoga kada dođu na red veliki memorijski procesi oko 20-30% poslova faila jer ostanu bez dostupne memorije. Stoga je potrebno ograničiti broj poslova --chn i --cjn. Pošto u primjeru zahtjevamo manje resursa tj. ne cijeli čvor brže se dođe na red za izvođenje. Treba pripaziti sa ovom opcijom da ne zadamo previše poslova jer će program ometati druge korisnike. U ovom primjeru 2 big mem posla su zauzela po 8-10 GB radne memorije stoga dajemo 2x15=30GB da se zauzme. |
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| theme | Emacs |
|---|
| title | TOGA_no_nextflow.sge |
|---|
|
#!/bin/sh
#$ -N tg
#$ -pe p28-mpisingle 2
#$ -cwd
#$ -R y
#$ -l memory=15
module load bioinfo/TOGA/1.1.2
toga.py test_input/hg38.mm10.chr11.chain test_input/hg38.genCode27.chr11.bed hg38.2bit mm10.2bit --kt --pn test -i supply/hg38.wgEncodeGencodeCompV34.isoforms.txt --chn $NSLOTS --cjn $NSLOTS --u12 supply/hg38.U12sites.tsv --ms |
...
Vrijeme trajanja ovog primjera posla:
| Code Block |
|---|
| language | text |
|---|
| theme | Emacs |
|---|
| title | Primjer bez nextflow-a |
|---|
|
start_time Thu May 4 09:08:06 2023
end_time Thu May 4 20:10:18 2023 |
Instalacija:
| Code Block |
|---|
|
#Stvaranje conda env za TOGA deps
conda create -p /apps/virtenv/TOGA/cenv
conda activate /apps/virtenv/TOGA/cenv
conda install -c bioconda nextflow
#Instaliravanje TOGA programa
git clone https://github.com/hillerlab/TOGA.git
mv TOGA/ 1.1.2/
cd 1.1.2
pip install -r requirements.txt
module load gcc/9
./configure.sh |
...