Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

Image Modified

Description

...

Opis

Panel
borderWidth5

Salmon je alat za brzu kvantifikaciju prijepisa iz RNA-seq

...

podataka. Za kvantificiranje je potreban skup ciljnih prijepisa (bilo iz referentnog ili de-novo

...

sklopa)

...

. Sve što trebate za pokretanje Salmona je FASTA datoteka koja sadrži vaše referentne transkripte i (skup) FASTA/FASTQ

...

datoteka(

...

a) koje sadrže vaša čitanja. Po izboru, Salmon može koristiti unaprijed izračunata poravnanja (u obliku SAM/BAM datoteke) transkripata umjesto sirovih čitanja.

Način Salmona koji se temelji na kartiranju odvija se u dvije faze; indeksiranje i kvantificiranje. Korak indeksiranja neovisan je o čitanjima i potrebno ga je pokrenuti samo jednom za određeni skup referentnih prijepisa. Korak kvantifikacije je očito specifičan za skup očitavanja RNA-seq i stoga se izvodi češće.

Verzije

VerzijaModulSupekPadobran
1.10.2

Salmon's mapping-based mode takes place in two phases; indexing and quantification. The indexing step is independent of reads and needs to be run only once for a given set of reference transcripts. The quantification step is obviously specific to a set of RNA-seq reads and is therefore performed more frequently.

Versions

...

scientific/salmon/1.10.

...

...

Primjer

  • Alociranje 8-12 threadova za Salmon postiže najviše brzine za izračune. Odabir threadova više od 12 će rezultirati da ti threadovi budu zauzeti i neiskorišteni.


Warning

Zbog tehničkih poteškoća Salmon-a sa radom na Padobranu, privremeno je dopušteno korištenje samo na Supeku.


Code Block
languagebash
themeMidnight
title

...

Supek
#!/bin/bash

#PBS -N 

...

salmon-test
#PBS -l select=1:ncpus=

...

12:mem=20GB
#PBS -q cpu

cd 

...

$PBS_O_WORKDIR

...



module load scientific/salmon/1.10.

...

2

salmon.sh salmon index -t 

...

athal.fa.gz -

...

i 

...

athal_index --

...

threads $NCPUS