...
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 2.0.6 | bioinfo/EUkuleleEUKulele/2.0.6 |
Korištenje
...
EUKulele po defaultu koristi sve dostupne dretve. S toga je potrebno ga staviti na cijeli čvor. Nije još razrješeno u izvornom kodu da koristi određen broj dretvi. Kad mu se zada, on svejedno zauzme sve.
Postoji 2 načina pokretanja, pomoću skripte i izravnih naredbi.
Ovisno o opciji baze podataka za korištenje, EUKulele će pokušati skinuti bazu lokalno. Zbog velike količine podataka skinuli smo ih sve i putanja je spremljena u $REF_DAT. Molimo da koristite pravilno tu putanju.
Potrebno je odrediti argumenate kako bi EUKulele uspješno očitao referentne podatke:
Npr.
...
--tax_table taxonomy-table.txt
--protein_extension .faa
--protein_map prot-map.json
--ref_fasta reference.pep.fa
--reference $REF_DAT/mmetsp
Popis baza podataka:
...
Sa skriptom:
Primjer je skinut sa https://eukulele.readthedocs.io/en/latest/tutorial.html
...
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#!/bin/sh #$ -N EUkuleleEUKulele_run #$ -pe *mpisingle 2810 #$ -cwd #$ -R y module load bioinfo/EUkuleleEUKulele/12.0.26 EUKulele --config curr_config.yaml |
Konfiguracijska skripta:
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
alignment_choice: diamond choose_parallelsubroutine: parallel column: SOURCE_ID consensus_cutoff: 0.75 create_tax_table: 1 cutoff: tax-cutoffs.yaml all database: mmetsp download_reference: 0 individual_or_summary: individual jobname: test mets_or_mags: mags names_to_reads: 0 nucleotide_extension: .fna organisms: - Phaeocystis;antarctica original_tax_table: taxonomy-table.txt original_taxonomy: taxonomy-table.txt output: out protein_extension: .faa protein_map: proteinprot-map.json ref_fasta: reference-pep-trunc.pep.faafa reference: reference_DIR force_rerun: 1 salmon_dir: 0ref_dir samples: samplessample_MAGs scratchCPUs: scratch subroutine: all tax_table: tax-table.txt taxonomy_organisms: - species transdecoder_orfsize: 100 use_salmon_counts: 0 |
...
$NSLOTS
no_busco: 1 |
| Info |
|---|
Korištenje EUKulele iskljičivo sa skriptom, komanda linija ne prenosi argumente za CPU pravilno. Busco verzija je nekompatibilna sa radom 2.0.6 EUKulele stoga se koristi no_busco: 1 argument. Odabrana baza će se automatski skinuti ako ne postoji u lokalno direktorij, stoga nakon korištenja se treba obrisati zbog veće količine podataka. |
Instalacija
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
source /apps/mambaforge/mamba#!/bin/shactivate #$ -N EUkulele_run #$mamba create -pe *mpisingle 28 #$ -cwd #$ -R y module load bioinfop /apps/virtenv/EUkulele/12.0.2 EUKulele6 --sample_dir samples_MAGs -m mags --database mmetsp --tax_table taxonomy-table.txt --protein_extension .faa --protein_map prot-map.json --ref_fasta reference.pep.fa --reference $REF_DAT/mmetsp c bioconda eukulele=2.0.6 |