Page History

...

Aplikacija je prilagođena za p28 paralelne okoline (nx360 čvorovi - AVX2 podrška).

Dostupne su verzije: MPI i hibridna verzija (raxmlHPC-MPI-AVX2 i raxmlHPC-HYBRID-AVX2). Sa MPI verzijom moguće je širiti aplikaciju na više od jednog čvora (bez threadinga), dok je u hibridnoj verziji obavezno koristiti threading opciju (definira se sa -T 2 →minimum) i posao treba zadržati na jednom čvoru. O optimalnom korištenju aplikacije moguće je saznati više na https://cme.h-its.org/exelixis/pubs/Exelixis-RRDR-2010-3.pdf.

Prilikom podnošenja posla, sve putanje obavezno je navesti kao apsolutne a output direktorij mora postojati.

Primjer korištenja MPI verzije:

...

Primjer korištenja hibridne verzije (umnožak -np i -T mora biti jednak broju zatraženih jezgri i obavezan mpisingle!):

#!/bin/bash
#$ -N test_raxml_hybrid
#$ -cwd
#$ -pe p28-mpisingle 20 

module load bioinfo/raxml/8.2.12

mpirun -np 4 raxmlHPC-HYBRID-AVX2 -T 5 -f a -x 648814 -p 648814 -N 1000 -m PROTGAMMAIPMBF -k -O -o Telestes_Souffia -n combinedFastaFINALraxml.tre -s /home/imitrovi/spojeni_fna/combinedFastaFINAL.msa -w /home/imitrovi/spojeni_fna/output_dir

...