Versions Compared

Old Version 25

changes.mady.by.user Daniel Vrčić

Saved on

compared with

New Version Current

changes.mady.by.user Daniel Vrčić

Saved on

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

Code Block
titlesiesta.sge
#$ -N siesta-parallel
#$ -q p28.q
#$ -pe *mpi 16
#$ -cwd

module load siesta/4.1.5

export OMP_NUM_THREADS=4

mpirun --bind-to socket -hostfile $TMPDIR/machines -np 4 siesta < fe.fdf > fe.out


Warning
titleVažno

Aplikacija se širi hibridno procesima (MPI paradigma) i dretvama (OpenMP paradigma). Varijabla okruženja OMP_NUM_THREADS definira koliko dretvi će svaki MPI proces kreirati. Iz tog razloga umnožak procesa i dretvi mora odgovarati zatraženom broju slotova definiranim u paralelnom okruženju. U primjeru je to 16 = 4 (MPI procesa) x 4 (OpenMP dretve)

Instalacija

Programski paket SIESTA je pripremljen s kompajlerom Intel 2019,  Intel MKL Scalapack i MPI implementacijom OpenMPI 3.0.0. Instalacija je obavljena pripremom pomoćnih biblioteka na koje se paket oslanja, dopremanjem izvornog koda, učitavanjem potrebnih modula za kompajler i MPI paralelizaciju te kompajliranjem samog paketa.

...