...
Code Block |
---|
% module load siesta/4.1.5 % siesta Siesta Version : 4.1.5 Architecture : unknown Compiler version: ifort (IFORT) 19.0.0.117 20180804 Compiler flags : mpifort -O2 -fPIC -fp-model source -qopenmp -I/apps/netcdf-fortran/4.5.3/include/ PP flags : -DFC_HAVE_ABORT -DMPI -qopenmp -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__METIIS -DSIESTA__ELPA -I/apps/elpa/2020.11.001/avx2/include/elpa-2020.11.001/modules -DSIESTA__DIAG_2STAGE Libraries : libsiestaLAPACK.a libsiestaBLAS.a libfdict.a libncdf.a -qopenmp -mkl=paralleel -i8 -lmkl_core -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_blas95_lp64 -L/apps/netcdf-c/4.7.4/lib/ -L/apps/netcdf-fortran/4.5.3/lib/ -L/apps/hdf5/1.12.0/lib/ -lnetcdff -lnetcdf -lhdf5_fortran -lhdf5 -lz -L/apps/metis/5.1.0/lib/ -lmetis -L/apps/elpa/2020.11.001/avx2/lib/ -lelpa PARALLEL version NetCDF-4 support NetCDF-4 MPI-IO support METIS ordering support ... |
Primjer skripte za opis posla:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#$ -N siesta-parallel #$ -q p28.q #$ -pe *mpi 16 #$ -cwd module load siesta/4.1.5 export OMP_NUM_THREADS=4 mpirun --bind-hostfileto $TMPDIR/machinessocket -np 4 siesta < fe.fdf > fe.out |
Warning | ||
---|---|---|
| ||
Aplikacija se širi hibridno procesima (MPI paradigma) i dretvama (OpenMP paradigma). Varijabla okruženja |
Instalacija
Programski paket SIESTA je pripremljen s kompajlerom Intel 2019, Intel MKL Scalapack i MPI implementacijom OpenMPI 3.0.0. Instalacija je obavljena pripremom pomoćnih biblioteka na koje se paket oslanja, dopremanjem izvornog koda, učitavanjem potrebnih modula za kompajler i MPI paralelizaciju te kompajliranjem samog paketa.
...