...
Code Block |
---|
|
$ module load GPAW/22.1.0
$ gpaw info
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------
| python-3.8.12 /apps/virtenv/gpaw22.1.0/bin/python3.8 |
| gpaw-22.1.0 /apps/virtenv/gpaw22.1.0/lib/python3.8/site-packages/gpaw/ |
| ase-3.22.1 /apps/virtenv/gpaw22.1.0/lib/python3.8/site-packages/ase/ |
| numpy-1.22.2 /apps/virtenv/gpaw22.1.0/lib/python3.8/site-packages/numpy/ |
| scipy-1.8.0 /apps/virtenv/gpaw22.1.0/lib/python3.8/site-packages/scipy/ |
| libxc-5.2.2 yes |
| _gpaw /apps/virtenv/gpaw22.1.0/lib/python3.8/site-packages/_gpaw.cpython-38-x86_64-linux-gnu.so |
| MPI enabled yes |
| OpenMP enabled no |
| scalapack yes |
| Elpa no |
| FFTW yes |
| libvdwxc yes |
| PAW-datasets (1) /apps/virtenv/gpaw22.1.0/paw-datasets/gpaw-setups-0.9.20000/ |
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------
|
Primjer skripte za opis posla:
Code Block |
---|
|
#$ -N gpaw-parallel
#$ -q p28.q
#$ -pe *mpi 14
#$ -cwd
module load GPAW/22.1.0
mpirun --mca btl_openib_allow_ib true -hostfile $TMPDIR/machines -np $NSLOTS gpaw python Ag3Au_test_srce.py |
Tip |
---|
|
Aplikacija je instalirana i konfigurirana u Python virtualnom okruženju kojeg korisnik može proširiti sa svojim proizvoljnim Python aplikacijama. Nakon učitavanja modula, korisnik dodatne aplikacije instalira s: Code Block |
---|
conda create --prefix $LOCALPKGS python=3.8
conda install --prefix $LOCALPKGS potrebni-python-pkg
ili
pip install --prefix $LOCALPKGS potrebni-python-pkg |
|
Instalacija
Programski paket GPAW je pripremljen s kompajlerom Intel 2019, Intel MKL Scalapack i MPI implementacijom OpenMPI 4.1 u Conda okruženju s Python 3.8. Instalacija je obavljena pripremom pomoćnih biblioteka na koje se paket oslanja, dopremanjem izvornog koda, učitavanjem potrebnih modula za kompajler i MPI paralelizaciju te izgradnjom Python wheel paketa koji se onda instalira u Conda okruženje.
Priprema pomoćnih biblioteka
Libxc - 5.2.2
Code Block |
---|
module load intel/2019
CC=icc FC=ifort CPPFLAGS='-std=gnu99'
./configure --prefix=/apps/virtenv/gpaw22.1.0/dependencies/libxc
--enable-shared
make install |
...