Korištenje
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 0.23.1 | bioinfo/fastp |
Primjer skripte za opis poslova:
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash
#$ -N fastp1
#$ -cwd
#$ -q a16.q
module load bioinfo/fastp
fastp -i R1.fq -o out.fq
|
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
qsub fastp.sge |
Instalacija
Preduvjeti za instalaciju: libdeflate i libisal
Instalacija:
- Compile je izveden sa intel/2019
- autoconf, automake, libtools, nasm (>=v2.11.01) i yasm (>=1.2.0) su potrebni za izgradnju isa-l
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
module load intel/2019 git clone https://github.com/intel/isa-l.git cd isa-l ./autogen.sh CC=icc FC=ifort ./configure --prefix=/home/usr/isa-l --libdir=/home/usr/isa-l/lib64 make make install |
...
.so fileovi od libisal i libdeflate su prebačeni u /apps/bioinfo/fastp/isa-l /apps/bioifo/libdeflate/, fastp bin je prebačen u /apps/bioinfo/fastp/0.23.1/
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
...
0.23.1
...
Primjer skripte za opis poslova:
...
| language | bash |
|---|---|
| title | fastp.sge |
...
/
...
Podnošenje posla :
...
| language | bash |
|---|---|
| title | Podnošenje posla |
...