...
Primjer
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash #PBS -N bedops-test #PBS -q cpu cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/bedops/2.4.41 closest-features --dist --closest --no-ref SNPs.bed DHSs.bed | cut -f2 -d '|' | grep -w -F -v -e "NA" > answer.bed |
| Info |
|---|
Bedops aplikacije koriste jednu dretvu i ne može se povećati broj dretvi. Zadane vrijednosti su 1 CPU i 3.8 GB RAM-a za PBS, za bedops je 2GB RAM-a. Ukoliko se javi potreba u pojedinačnim alatima(koji imaju opciju) količina memorije se može povećati. |
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash #PBS -N bedops-test #PBS -l select=1:ncpus=1:mem=8GB #PBS -q cpu cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/bedops/2.4.41 convert2bed --input=bam --output=bed --max-mem=8GB < test.bam > test.bed |
...