Image RemovedImage Added
Opis
DIAMOND je aplikacija za usklađivanje sekvenci za pretraživanje proteina i prevedene DNK, dizajniran za analizu visokih performansi velikih podataka o sekvencama. Ključne karakteristike su:
- Parno poravnanje proteina i prevedene DNK brzinom 100x-10 000x od BLAST-a.
- Proteinsko grupiranje do desetaka milijardi proteina
- Poravnanja pomaka okvira za analizu dugog čitanja.
- Mali zahtjevi za resursima i pogodan za rad na standardnim stolnim ili prijenosnim računalima.
- Različiti izlazni formati, uključujući BLAST u paru, tablični i XML, kao i taksonomsku klasifikaciju.
Dostupne verzije:
Vrančić() |
---|
2.1.8 | scientific/DIAMOND/2.1.8 | | |
Primjer korištenja:
Code Block |
---|
language | bash |
---|
theme | Midnight |
---|
title | dmd.pbs |
---|
|
#!/bin/bash
#PBS -N dmd-cluster
#PBS -l select=1:ncpus=12:mem=64GB
#PBS -q cpu
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/DIAMOND/2.1.8
diamond cluster -d astral-scopedom-seqres-gd-sel-gs-bib-95-2.07.fa -o clusters.tsv --approx-id 40 --threads $NCPUS --memory-limit 64G --header |
Dostupne baze za korištenje
Baze se nalaze u $BLASTDB varijabli
- nr/nr
- nr/nr_tax - baza sa taksonomskim značajkama
- swissprot/swissprot
- nt/nt_fa/nt
- pfam/Pfam-A.fasta
- cog/cog-20.fa
Code Block |
---|
language | bash |
---|
theme | Midnight |
---|
title | dmd.pbs |
---|
|
#!/bin/bash
#PBS -N dmd-blastp
#PBS -l select=1:ncpus=12:mem=64GB
#PBS -q cpu
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/DIAMOND/2.1.8
diamond blastp -d $BLASTDB/swissprot/swissprot -q protein.fa -o matches_swissprot.tsv --threads $NCPUS |