...
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
| Verzija | Modul |
|---|
| 12.0.26 | bioinfo/EUkuleleEUKulele/2.0.6 |
Korištenje
| Info |
|---|
EUKulele po defaultu koristi sve dostupne dretve. S toga je potrebno ga staviti na cijeli čvor. Nije još razrješeno u izvornom kodu da koristi određen broj dretvi. Kad mu se zada, on svejedno zauzme sve. Postoji 2 načina pokretanja, pomoću skripte i izravnih naredbi. |
Sa skriptom:
Primjer je skinut sa https://eukulele.readthedocs.io/en/latest/tutorial.htmlSa skriptom:
| Code Block |
|---|
|
#!/bin/sh
#$ -N EUkuleleEUKulele_run
#$ -pe *mpisingle 2810
#$ -cwd
#$ -R y
module load bioinfo/EUkuleleEUKulele/12.0.26
EUKulele --config curr_config.yaml
|
Konfiguracijska skripta:
| Code Block |
|---|
| language | yml |
|---|
| theme | Emacs |
|---|
| title | curr_config.yaml |
|---|
|
alignment_choice: diamond
choose_parallel: parallel
column: SOURCE_ID
consensus_cutoff: 0.75
create_tax_table: 1
cutoff: tax-cutoffs.yaml
subroutine: all
database: mmetsp
download_reference: 0
individual_or_summary: individual
jobname: test
mets_or_mags: mags
names_to_reads: 0
nucleotide_extension: .fna
organisms:
- Phaeocystis;antarctica
original_tax_table: taxonomy-table.txt
original_taxonomy: taxonomy-table.txt
output: out
protein_extension: .faa
protein_map: proteinprot-map.json
ref_fasta: reference-pep-trunc.pep.faafa
reference: reference_DIR
force_rerun: 1
salmon_dir: 0ref_dir
samples: samplessample_MAGs
scratchCPUs: scratch
subroutine: all
tax_table: tax-table.txt
taxonomy_organisms:
- species
transdecoder_orfsize: 100
use_salmon_counts: 0 |
...
| Info |
|---|
Korištenje EUKulele iskljičivo sa skriptom, komanda linija ne prenosi argumente za CPU pravilno. Busco verzija je nekompatibilna sa radom 2.0.6 EUKulele stoga se koristi no_busco: 1 argument. Odabrana baza će se automatski skinuti ako ne postoji u lokalno direktorij, stoga nakon korištenja se treba obrisati zbog veće količine podataka. |
Instalacija
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| title | Instalacija EUKulele |
|---|
|
source /apps/mambaforge/mamba#!/bin/shactivate
#$ -N EUkulele_run
#$mamba create -pe *mpisingle 28
#$ -cwd
#$ -R y
module load bioinfop /apps/virtenv/EUkulele/12.0.2
EUKulele6 --config curr_config.yaml
c bioconda eukulele=2.0.6 |