...
Code Block | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
#!/bin/bash #$ -N lammps #$ -cwd #$ -pe *mpi 8 export OMP_NUM_THREADS=1${NSLOTS} module load lammps/23Jun2022 mpirun -np ${NSLOTS} lmp -sf intel -in in.chain -pk intel 0 mode double |
Općenito
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) standardna je računalno-kemijska aplikacija za provođenja izračuna molekulske dinamikue s naglaskom na modeliranje materijala. Aplikacija ima sposobnost simulacija materijala u čvrstom stanju (poput metala i poluvodiča), ali i biomolekula te polimera.
Razvojni tim je opisuje kao "paralelni simulator" čestica na atomskoj, mezo- ili kontinuumskoj razini.
LAMMPS može raditi na pojedinačnim (jednojezgrenim) procesorima ili paralelno (na višejezgrenim procesorima) koristeći MPI standard razmjene poruka između procesa te koristeći prostornu dekompoziciju simulacijske domene.
Verzija LAMMPS-a dostupna na računalnom klasteru Isabella kompajlirana je Intelovim C/C++ i Fortran kompajlerima te koristi Open MPI knjižnice.
Moduli
Moduli koji dopremaju LAMMPS u vašu okolinu definirani su u tablici niže:
...
Primjer korištenja
Ulazne tj. input podatke za primjere niže možete preuzeti u zip arhivi.
Primjer serijskog izvođenja
run.sge
1 |
|
Primjer paralelnog izvođenja
run.sge
...
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
...
double |
Praktični primjer
Simulacija molekulske dinamike elektrolita (vodena otopina natrijevog klorida) omeđenog ugljikovim stijenkama
...
Posljednja je faza produkcijska tijekom koje se sustav dovodi do ekvilibrijuma postepeno uvodeći tlak od 1 atm i temperaturu od 300 K. Prilikom dosega prethodno definiranih vrijednosti ekvilibrijskog stanja, simulacija uspješno završava. Sustav je potom spreman za provođenje dodatnih analizi poput simulacije s fleksibilnim ugljičnim stijenkama.
Slika 1. Prva i posljednja struktura dinamičke evolucije sustava u vremenu dobivena provedbom treće, ekvilibrijske faze.