Korištenje
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
Verzija | Modul |
---|---|
0.23.1 | bioinfo/fastp |
Primjer skripte za opis poslova:
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash
#$ -N fastp1
#$ -cwd
#$ -q a16.q
module load bioinfo/fastp
fastp -i R1.fq -o out.fq
|
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
qsub fastp.sge |
Instalacija
Preduvjeti za instalaciju: libdeflate
i libisal
Instalacija:
- Compile je izveden sa intel/2019
- autoconf, automake, libtools, nasm (>=v2.11.01) i yasm (>=1.2.0) su potrebni za izgradnju isa-l
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
module load intel/2019 git clone https://github.com/intel/isa-l.git cd isa-l ./autogen.sh CC=icc FC=ifort ./configure --prefix=/home/usr/isa-l --libdir=/home/usr/isa-l/lib64 make make install |
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
export PREFIX="$HOME/libdeflate"
git clone https://github.com/ebiggers/libdeflate.git
cd libdeflate
make
make install |
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
export LIBRARY_DIRS="/home/usr/isa-l/lib64/ /home/usr/libdeflate/lib"
git clone https://github.com/OpenGene/fastp.git
cd fastp
CXX=icpc make
make install |
.so fileovi od libisal i libdeflate su prebačeni u /apps/bioinfo/fastp/isa-l /apps/bioifo/libdeflate/, fastp bin je prebačen u /apps/bioinfo/fastp/0.23.1/
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
...
0.23.
...
Primjer skripte za opis poslova:
...
language | bash |
---|---|
title | fastp.sge |
...
1
...
/
...