Moduli
Quantum Espresso je preveden s Intel 2019 i MVAPICH2 2.2.
Dostupne verzije su:
| Verzija | Modul |
|---|
| 5.4.0 | quantum-espresso/5.4.0 |
| 6.3 | quantum-espresso/6.3 |
| 6.3 | quantum-espresso/6.3-nfilemax50 |
| 6.6 | quantum-espresso/6.6 |
| 6.7 | quantum-espresso/6.7 |
| 6.8 * | quantum-espresso/6.8 |
| 7.1 * | quantum-espresso/7.1 |
* modul uključuje i thermo_pw paket.
| Note |
|---|
U modulu quantum-espresso/6.3-nfilemax50 napravljena je izmjena u kodu gdje se parametar nfilemax povećao na 50. PP/src/chdens_module.f90: INTEGER, PARAMETER :: nfilemax = 50
|
Korištenje
Izračun optičkog spektra benzena koristeći vremensko-ovisni pristup teorije funkcionala gustoće (Time-Dependent Density Functional Theory, TDDFT).
Prije samog izračuna potrebno je skinuti knjižnicu pseudopotencijala (za potrebe ovog izračuna potrebni su C i H pseudopotencijali) odabirući sljedeće parametre (NC SR(ONCVPSP v0.4), PBE, stringent, upf) s web stranice http://www.pseudo-dojo.org/index.html. U svim input datotekama zadati put do direktorija u kojem se knjižnica nalazi.
Posljednja geometrija u output datoteci predstavlja početnu geometriju u idućoj input datoteci.
Primjer skripte za opis poslova:
| Code Block |
|---|
| title | run.sge |
|---|
| linenumbers | true |
|---|
|
#!/bin/bash
#$ -N qe
#$ -cwd
#$ -pe p28-mpi 2
#$ -j y
module load quantum-espresso/6.7
mpirun -np 2 /apps/qe/6.7/mvapich2-intel-2.2/bin/turbo_lanczos.x -inp benzene_tl.in > benzene_tl.out |
Primjer pw.x input datoteke:
| Code Block |
|---|
|
&CONTROL
calculation = 'vc-relax'
prefix = 'benzene'
outdir = './outdir'
pseudo_dir = '/home/user/nc-sr-04_pbe_stringent_upf'
etot_conv_thr = 1e-5
forc_conv_thr = 1e-4
/
&SYSTEM
ibrav = 6,
celldm(1) = 32.0,
celldm(3) = 0.83,
nat = 12,
ntyp = 2,
ecutwfc = 30,
/
&ELECTRONS
conv_thr = 1.0d-8
/
&IONS
/
&CELL
/
ATOMIC_SPECIES
C 12.0107 C.upf
H 1.00784 H.upf
ATOMIC_POSITIONS angstrom
C 5.633200899 6.320861303 5.000000000 1 1 0
H 6.847051545 8.422621957 5.000000000 1 1 0
K_POINTS gamma |
1. Izračun relaksacije molekule s ciljem ispravljanja neprirodne i/ili nepogodne geometrije poput nepravilnih duljina veza i vrijednosti kutova
| Code Block |
|---|
|
pw.x -inp benzene_relax.in > benzene_relax.out |
2. Izračun konvergencije, odnosno stanja sustava gdje su sile unutar sustava esencijalno jednake 0
| Code Block |
|---|
pw.x -inp benzene_scf.in > benzene_scf.out |
Primjer turbo_lanczos.x input datoteke:
| Code Block |
|---|
|
&LR_INPUT
prefix = 'benzene'
outdir = './outdir'
/
&LR_CONTROL
itermax = 500
ipol = 4
/ |
3. Izračun vrijednosti β, γ i z rekurzijskih koeficijenata polarizabilnosti pomoću Lanczos-ovog algoritma
| Code Block |
|---|
|
turbo_lanczos.x -inp benzene_tl.in > bezneze_tl.out |
4. Izračun polarizabilnosti apsorpcijskog spektra na temelju koeficijentata izračunatih u prethodnom koraku
| Code Block |
|---|
|
turbo_spectrum.x -inp benzene_ts.in > benzene_ts.out |
Primjer gnuplot skripte:
| Code Block |
|---|
|
set autoscale # scale axes automatically
unset log # remove any log-scaling
unset label # remove any previous labels
set xtic auto # set xtics automatically
set ytic auto # set ytics automatically
set title "title"
set xlabel "energy/eV"
set ylabel "absorption"
plot 'benzene.dat' u 1:2 title 'light absorption: benzene' with linespoints
pause -1 "Hit any key to continue\n" #the code doesn't exit automatically |
5. Grafički prikaz spektra sustava
| Code Block |
|---|
gnuplot benzene.gnu |
Image Added
Više informacija dostupno na web stranici: https://www.quantum-espresso.org/documentation/.