Opis
HERRO (Haplotype-aware ERRor Correction) vrlo je precizan, haplotip alat za duboko učenje za ispravljanje pogrešaka Nanopore R10.4.1, Kit 14 očitavanja (preporučuje se duljina od ≥ 10000 bp).
Dostupne verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|
| 0.1.0 | scientific/herro/0.1.0 |  |  |
Službena dokumentacija
Primjer korištenja
...
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| theme | Midnight |
|---|
| title | 2. herro-create_batched_alignmentsids |
|---|
|
#PBS -N herro_clean
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=4010:mem=200GB20GB
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/herro/0.1.0
herro.sh create_batched_alignments.sh seqkit seq -ni hg002v1.0.out.fastq.gz > hg002v1.0_ids $NCPUS batches |
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| theme | Midnight |
|---|
| title | 3. herro-idscreate_batched_alignments |
|---|
|
#PBS -N herro_clean
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=1040:mem=20GB200GB
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/herro/0.1.0
herro.sh seqkit seq -nicreate_batched_alignments.sh hg002v1.0.out.fastq.gz > hg002v1.0_ids $NCPUS batches |
- 2 modela su dostupna pod varijablom varijablom $MODELS
- model_R9_v0.1.pt(eksperimentalni)
- model_v0.1.pt
...
