![](https://bedops.readthedocs.io/en/latest/_static/logo_with_label_v3.png)
Opis
Bedops je open-source alat za command line koji izvodi vrlo učinkovite i skalabilne Bollean i druge skupne operacije, statističke izračune, arhiviranje, pretvorbu i drugo upravljanje genomskim podacima proizvoljnih razmjera. Zadaci se mogu jednostavno podijeliti po kromosomu za distribuciju analiza cijelog genoma kroz računalni klaster.
Verzije
Verzija | Modul | Supek | Padobran |
---|
2.4.41 | scientific/bedops/2.4.41 | ![(error)](/s/l55c0r/9012/ly29vq/_/images/icons/emoticons/error.svg) | ![(tick)](/s/l55c0r/9012/ly29vq/_/images/icons/emoticons/check.svg) |
Službena dokumentacija
Primjer
Code Block |
---|
language | bash |
---|
theme | Midnight |
---|
title | closest-features |
---|
|
#!/bin/bash
#PBS -N bedops-test
#PBS -q cpu
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/bedops/2.4.41
closest-features --dist --closest --no-ref SNPs.bed DHSs.bed | cut -f2 -d '|' | grep -w -F -v -e "NA" > answer.bed |
Info |
---|
Bedops aplikacije koriste jednu dretvu i ne može se povećati broj dretvi. Zadane vrijednosti su 1 CPU i 3.8 GB RAM-a za PBS, za bedops je 2GB RAM-a. Ukoliko se javi potreba u pojedinačnim alatima(koji imaju opciju) količina memorije se može povećati. |
Code Block |
---|
language | bash |
---|
theme | Midnight |
---|
title | convert2bed |
---|
|
#!/bin/bash
#PBS -N bedops-test
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=8GB
#PBS -q cpu
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/bedops/2.4.41
convert2bed --input=bam --output=bed --max-mem=8GB < test.bam > test.bed |
...