Versions Compared
Key
- This line was added.
- This line was removed.
- Formatting was changed.
Image Added
Opis
Panel | ||
---|---|---|
| ||
Salmon je alat za brzu kvantifikaciju prijepisa iz RNA-seq podataka. Za kvantificiranje je potreban skup ciljnih prijepisa (bilo iz referentnog ili de-novo sklopa). Sve što trebate za pokretanje Salmona je FASTA datoteka koja sadrži vaše referentne transkripte i (skup) FASTA/FASTQ datoteka(a) koje sadrže vaša čitanja. Po izboru, Salmon može koristiti unaprijed izračunata poravnanja (u obliku SAM/BAM datoteke) transkripata umjesto sirovih čitanja. Način Salmona koji se temelji na kartiranju odvija se u dvije faze; indeksiranje i kvantificiranje. Korak indeksiranja neovisan je o čitanjima i potrebno ga je pokrenuti samo jednom za određeni skup referentnih prijepisa. Korak kvantifikacije je očito specifičan za skup očitavanja RNA-seq i stoga se izvodi češće. |
Verzije
Verzija | Modul | Supek | Padobran |
---|---|---|---|
1.10. |
...
2 | scientific/salmon/1.10.2 |
Službena dokumentacija
https://salmon.readthedocs.io/en/latest/index.html
Primjer:
Primjer
- Alociranje 8-12 threadova za Salmon postiže najviše brzine za izračune. Odabir threadova više od 12 će rezultirati da ti threadovi budu zauzeti i neiskorišteni.
Warning |
---|
Zbog tehničkih poteškoća Salmon-a sa radom na Padobranu, privremeno je dopušteno korištenje samo na Supeku. |
Code Block | |||||
---|---|---|---|---|---|
|
...
| |
#!/bin/bash #PBS -N |
...
salmon-test #PBS -l select=1:ncpus |
...
=12:mem=20GB #PBS -q cpu cd |
...
$PBS_O_WORKDIR |
...
module load scientific/salmon/1.10.2 salmon.sh salmon index -t |
...
athal.fa.gz |
...
- |
...
i |
...
athal_index -- |
...
threads $NCPUS |