...
JELLYFISH je program naredbenog retka koji čita FASTA i multi-FASTA datoteke koje sadrže sekvence DNK. Izbacuje svoje k-mer brojeve u binarnom formatu, koji se može prevesti u tekstualni format čitljiv ljudima pomoću naredbe "jellyfish dump" ili postaviti upit za određene k-mere pomoću "jellyfish query".
Verzije
Verzija | Modul | Supek | Padobran |
---|---|---|---|
2.3. |
1 | scientific/jellyfish/2.3. |
1 |
Službena dokumentacija
fasta datoteka korištena za primjer: http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/human_g1k_v37.fasta.gz
...
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
#PBS -N k-mer_counting #PBS -q cpu #PBS -l select=1:ncpus=60 cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/jellfyish/2.3.01 jellyfish.sh jellyfish count -m 21 -s 200M -t $NCPUS -C human_g1k_v37.fasta |
...