...
Bowtie 2 je ultrabrz i memorijski učinkovit alat za usklađivanje čitanja sekvenciranja s dugim referentnim sekvencama. Osobito je dobar u usklađivanju čitanja od oko 50 do 100 ili 1000 znakova, a posebno je dobar u usklađivanju s relativno dugim genomima (npr. sisavaca). Bowtie 2 indeksira genom s FM indeksom kako bi njegov memorijski otisak bio mali: za ljudski genom njegov memorijski otisak obično je oko 3,2 GB. Bowtie 2 podržava načine poravnanja s praznim, lokalnim i uparenim krajevima.
Verzije
Verzija | Modul | Supek | Padobran |
---|
2.5. |
113 | | |
Službena dokumentacija
https://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml
...
Code Block |
---|
language | bash |
---|
title | Poravnavanje uparenih krajeva |
---|
|
#PBS -N bowtie2-example
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=8
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/bowtie2/2.5.13
bowtie2.sh bowtie2 -p $NCPUS -x example/index/lambda_virus -1 example/reads/reads_1.fq -2 example/reads/reads_2.fq
|
...
Code Block |
---|
language | bash |
---|
title | Izrada velikog indexa |
---|
|
#PBS -N bowtie2-example
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=8
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/bowtie2/2.5.13
bowtie2.sh bowtie2-build --threads $NCPUS --large-index example/reference/lambda_virus.fa example/index/lambda_virus |
...