Verzija | Modul |
---|---|
2.1 | bioinfo/SortMeRna/2.1 |
4.3.6 | bioinfo/SortMeRna/4.3.6 |
Korištenje
Info |
---|
Baze podataka koje su pod $RNA varijablom:
Nasprem starijih verzija sve potrebne baze za indeksiranje su u smr_v4.3_default_db.fasta. Potrebno je odrediti --workdir za željeni radni direktorij u suprotnom program kreira svoj workdir u $HOME/sortmerna/run |
...
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
$!/bin/bash #$ -N SMR-test #$ -cwd #$ -pe *mpisingle 12 module load bioinfo/SortMeRna/4.3.6 sortmerna -ref $RNADB/smr_v4.3_default_db.fasta -reads set2set5_simulated_environmentalamplicon_studysilva_550bac_amplicon16s.fasta -sam -fastx -blast 1 -num_alignments 1 -v --workdir . --threads $NUMSLOTS |
...