Općenito
g_mmpbsa programski je paket implementiran koristeći softvere GROMACS i APBS s načinom izvršavanja naredbi sličnim GROMACS-u. Funkcija mu je izračun komponentni slobodne Gibbsove energije vezanja koristeći MM-PBSA metodu (engl. molecular mechanics poisson-boltzmann surface area). Dekompozicija ukupne energije, odnosno entropijski i energetski doprinos svih rezidua ukupnoj energiji moguće je izračunati pomoću python skripti koje programski paket sadrži. Omogućuje odabir alternativnih atomskih radijusa i nekoliko različitih solvatacijskih modela. Ekstenzivno se koristi u istraživanjima biomolekulskih interakcija. Često predstavlja korak analize nakon izvođenja simulacija molekulske dinamike.
Verzija g_mmpbsaprogramskog paketa dostupna na računalnom klasteru Isabella kompajlirana je pomoću gcc/9 GNU prevoditelja, a omogućuje paralelno izvođenje te koristi OpenMP knjižnicekorištenjem OpenMP tehnologije.
| Warning |
|---|
Aplikacija nema mogućnost širenja izvan čvora pa je u skripti za podnošenje poslova nužno definirati neku od mpisingle paralelnih okolina. |
Moduli
Moduli koji dopremaju g_mmpbsa u Vašu okolinu definirani su u tablici niže:
| Verzija | Modul |
| 1.1.0 | g_mmpbsa/1.1.0 |
Primjer korištenja
...
| Warning |
|---|
Počevši od verzije GROMACS-a 5.0, svi alati su moduli izvršne datoteke pod nazivom gmx: gmx grompp ...gmx mdrun ...
Budući da g_mmpbsa koristi stariju GROMACS-a, svaki se od alata poziva direktno, bez gmx-a: |
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| title | mmpbsa.sge |
|---|
| linenumbers | true |
|---|
|
#!/bin/bash |
...
...
...
...
4
module load g_mmpbsa/1.1.0 |
...
...
${NSLOTS}
g_mmpbsa -f input.xtc -s input.tpr -n input.ndx -i input.mdp <arg>
|
Praktični primjer
Izračun slobodne Gibbsove energije kompleksa HIV-1 proteaze i inhibitora BEA388
...
Ulazne tj. input podatke za primjere niže možete preuzeti u zip arhivi.mmpbsa.sge
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
module load g_mmpbsa/1.1.0 |
...
...
${NSLOTS}
echo 1 13 | g_mmpbsa -f 1EBZ.xtc -s 1EBZ.tpr -n 1EBZ.ndx -i ../pbsa.mdp -pdie 2 -pbsa -decomp |
...
python MmPbSaStat.py -bs -nbs 2000 -m energy_MM.xvg -p polar.xvg -a apolar.xvg |