Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

Preporuka je da se posao pokreće sa /shared diska zbog velikog opterećenja na disk diska i prostora koji kreirane datoteke zauzimaju.

...

  • Odabrati prvu conda opciju (Instalacija conde nije potrebna jer će se aktivirati sa pokretanjem skripte)
  • Potvrditi TransPi instalaciju baza podataka: "y"
  • Specificirati BUSCO V4 bazu podataka
  • *Odabrati opciju za UNIPROT bazu podataka
  • Potvrditi instalaciju nextflow-a: "y"

Konfiguracija će potrajati desetak minuta.

*UNIPROT bazu podataka moguće je preuzeti sa stranice https://www.uniprot.org/ i/ili zamijeniti (/shared/korisnik/dir_projekta/DBs/uniprot_db) ukoliko aplikacija nije preuzela reprezentativan set podataka.

Drugi korak

Kreirati .sge skriptu unutar navedenog direktorija u prvom koraku (/shared/korisnik/dir_projekta) i podnijeti posao sa qsub naredbom.

...

Code Block
titlePrimjer skripte
#!/bin/bash

#$ -N  
#$ -pe p28-mpifull-long 28
#$ -cwd

module load java/11
source /apps/miniforge3/bin/activate

./nextflow run /apps/TransPi/TransPi.nf --all --maxReadLen 150 --k 25,41,53 --reads '/putanja/reads/datoteka' --outdir Results -profile conda

...