...
Preporuka je da se posao pokreće sa /shared diska zbog velikog opterećenja na disk diska i prostora koji kreirane datoteke zauzimaju.
...
- Odabrati prvu conda opciju (Instalacija conde nije potrebna jer će se aktivirati sa pokretanjem skripte)
- Potvrditi TransPi instalaciju baza podataka: "y"
- Specificirati BUSCO V4 bazu podataka
- *Odabrati opciju za UNIPROT bazu podataka
- Potvrditi instalaciju nextflow-a: "y"
Konfiguracija će potrajati desetak minuta.
*UNIPROT bazu podataka moguće je preuzeti sa stranice https://www.uniprot.org/ i/ili zamijeniti (/shared/korisnik/dir_projekta/DBs/uniprot_db) ukoliko aplikacija nije preuzela reprezentativan set podataka.
Drugi korak
Kreirati .sge skriptu unutar navedenog direktorija u prvom koraku (/shared/korisnik/dir_projekta) i podnijeti posao sa qsub naredbom.
...
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#!/bin/bash #$ -N #$ -pe p28-mpifull-long 28 #$ -cwd module load java/11 source /apps/miniforge3/bin/activate ./nextflow run /apps/TransPi/TransPi.nf --all --maxReadLen 150 --k 25,41,53 --reads '/putanja/reads/datoteka' --outdir Results -profile conda |
...