...
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
mothur "#dist.seqs(fasta=final.fasta, processors=12)" #lančanje naredbi mothur "#dist.seqs(fasta=final.fasta, processors=12);cluster(column=current, count=final.count_table);collect.single();rarefaction.single()" |
Potpuna okumentacija dokumentacija naredbi je dostupna na https://mothur.org/wiki/tags/#file_types
Primjer je napisa napisan u skladu sa s podnošenjem posla na čvor prema https://mothur.org/wiki/miseq_sop/ primjeru analize.
...
Prije instalacije same aplikacije, instalirane su potrebne knjižnice.
HDF5 je instaliran sa s prevoditeljem intel/2020. Verzija knjižnice je sa s cxx i fortran prevoditeljem prevoditeljima prevedena.
Izvorni kod je skinut sa s https://portal.hdfgroup.org/display/support/HDF5+1.13.0 .
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
module load intel/2020 CC=icc CXX=icpc FC=ifort F90=ifort ./configure --prefix=/home/mhrzenja/mothur/hdf5/hdf5 --enable-fortran --enable-cxx make make install |
GSL je instaliran sa s prevoditeljem intel/2020
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
module load intel/2020 wget https://mirror.easyname.at/gnu/gsl/gsl-latest.tar.gz tar -xvzf gsl-latest.tar.gz cd gsl-latest ./configure CC=icc CXX=icpc --prefix=/home/mhrzenja/mothur/gsl-comp make && make install |
...