Instalacija je izvršena sa kompajlerom intel/2020. Kompajlirano je lokalno, kasnije prebačeno u /apps/bioinfo.
...
wget http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz
cd phylip-3.697
mv Makefile.unx Makefile
make install CC=icc EXEDIR=/home/mhrzenja/apps/phylip/3.697
Dostupne verzije:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 3.697 | phylip/3.697 |
Primjer korištenja sa SGE:
Phylip-ovi alati koriste ineraktivne opcije, tako da prije svakog podnošenja posla mora se definirati koje opcije će se promijeniti, svaka ima svoje defaultne inicijalne postavke. Mogu se i provjeriti prilikom pokretanja lokalno.
Popis alata i opcija: https://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/
Primjer je izvršen sa s consense alatom i sa testdata podacima iz http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.698.zip, nije bilo testdata direktorija u linux verziji.
| Priprema podataka |
|---|
cd testdata/consense sed -i '1i O\nR\nY' consenseintree.txt #proslijeđujemo parametre koje želimo izmjeniti u datoteku, Y je obavezno na kraju sed -i '1i consenseintree.txt' consenseintree.txt #proslijeđujemo ime datoteke u datoteku koje želimo da se odvrti |
| Primjer korištenja: phylip-teran.sge |
|---|
|
| Napomena: ako koristite istu naredbu u istom direktoriju, obrišite ili premjestite out* datoteke u drugi direktorij. |
|---|
Instalacija je izvršena sa prevoditeljem intel/2020. Instalirano je lokalno, kasnije prebačeno u /apps/bioinfo.
wget http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz cd phylip-3.697 mv Makefile.unx Makefile make install CC=icc EXEDIR=/home/mhrzenja/apps/phylip/3.697 |