...
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#$ -N siesta-parallel #$ -q p28.q #$ -pe *mpi 16 #$ -cwd module load siesta/4.1.5 export OMP_NUM_THREADS=4 mpirun --bind-to socket -hostfile $TMPDIR/machines -np 4 siesta < fe.fdf > fe.out |
| Warning | ||
|---|---|---|
| ||
Aplikacija se širi hibridno procesima (MPI paradigma) i threadovima (OpenMP paradigma). Varijabla okruženja OMP_NUM_THREADS definira koliko threadova će svaki MPI proces kreirati. Iz tog razloga umnožak procesa i threadova mora odgovarati zatraženom broju slotova definiranim u paralelnom okruženju. U primjer je to 16 = 4 (MPI procesa) x 4 (OpenMPI threadsa) |
Instalacija
Programski paket SIESTA je pripremljen s kompajlerom Intel 2019, Intel MKL Scalapack i MPI implementacijom OpenMPI 3.0.0. Instalacija je obavljena pripremom pomoćnih biblioteka na koje se paket oslanja, dopremanjem izvornog koda, učitavanjem potrebnih modula za kompajler i MPI paralelizaciju te kompajliranjem samog paketa.
...