Korištenje
Na klasteru je instalirana pomoćna aplikacija structure_threader koja omogućava paralelno izvođenje aplikacija:
- structure
2.3.4 - fastStructure
1.0 - MavericK
1.0.5
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
| Verzija | Module |
|---|
| 1.3.10 | bioinfo/structure_threader/1.3.10 |
| 1.3.7 | bioinfo/structure_threader/1.3.7 |
Primjer korištenja:
| Code Block |
|---|
| title | run-structure-isabella.sge |
|---|
|
#$ -N structure
#$ -pe *mpisingle 8
#$ -cwd
module load bioinfo/structure_threader/1.3.7
str_bin=$(which structure)
structure_threader_exec=$(which structure_threader)
${structure_threader_exec} run -i smalldata/Reduced_dataset.structure -o results -st ${str_bin} -K 3 -t $NSLOTS -R 5 --params smalldata/mainparams |
| Code Block |
|---|
| title | run-faststructure-isabella.sge |
|---|
|
#$ -N faststructure
#$ -pe *mpisingle 8
#$ -cwd
module load bioinfo/structure_threader/1.3.7
str_bin=$(which fastStructure)
structure_threader_exec=$(which structure_threader)
${structure_threader_exec} run -i smalldata/BigTestData.str -o results_fs -fs ${str_bin} -K 4 -t $NSLOTS --ind smalldata/indfile.txt
|
Ulazni podatci iz primjera su dostupni na https://github.com/StuntsPT/Structure_threader/tree/master/tests/smalldata
| Warning |
|---|
|
Nužno je koristiti paralelne okoline *mpisingle jer je aplikacija paralelizirana dijeljenjem memorije (shared memory parallel model) |
| Tip |
|---|
|
Aplikacija je instalirana i konfigurirana u Python virtualnom okruženju kojeg korisnik može proširiti sa svojim proizvoljnim Python aplikacijama. Nakon učitavanja modula, korisnik dodatne aplikacije instalira s: | Info |
|---|
| pip3 install --prefix $LOCALPKGS potrebni-python-pkg |
|
Instalacija
structure_threader je Python wrapper koji sa sobom donosi glavne aplikacije pa njih nije potrebno posebno instalirati. Distribuira se kroz Python paketni sustav PyPI. Na klasteru je instaliran u zasebnom Python virtual environmentu.
Izvorni kod aplikacije je dostupan na: https://github.com/StuntsPT/Structure_threader
| Code Block |
|---|
|
python3 -m venv /apps/virtenv/structure_threader1.3.10
pip3 install -U pip
pip3 install structure_threader |