Table of Contents

Opis

Tensorflow je python knjižnica namijenjena razvoju aplikacija temeljenih na dubokom učenju koja se oslanja na ubrzanje grafičkim procesorima. Jedna od glavnih značajki ove knjižnice je postojanje API-a za brži razvoj modela strojnog učenja Keras, koja u sebi sadrži module i funkcije za svaki dio pipelinea u tipičnoj ML aplikaciji (preprocessing podataka, definicija modela, načina optimizacije i validacije)

Verzije

verzija	modul	Supek	Padobran
2.10.1	scientific/tensorflow/2.10.1-ngc
2.12.0	scientific/tensorflow/2.12.0

Note

title	Korištenje aplikacije na Supeku

Python aplikacije i knjižnice na Supeku su dostavljene u obliku kontejnera i zahtijevaju korištenje wrappera kao što je opisano ispod.

Više informacija o python aplikacijama i kontejnerima na Supeku možete dobiti na sljedećim poveznicama:

Dokumentacija

Službena stranica - https://www.tensorflow.org
Priručnik - https://www.tensorflow.org/versions
Keras API za razvoj aplikacija - https://keras.io/api
Repozitorij modela i baza podataka - https://www.tensorflow.org/resources/models-datasets

Supek

Ispod se nalaze primjeri aplikacija umjetnog benchmarka koji testira performanse na modelu Resnet50.

Primjeri su redom:

singlegpu.* - skripte za pokretanje na jednom grafičkom procesoru
multigpu-singlenode.* - skripte za pokretanje na više grafičkih procesora na jednom čvoru
multigpu-multinode.* - skripte za pokretanje na više grafičkih procesora na jednom čvoru

Jedan grafički procesor

Code Block

language	bash
title	singlegpu.sh
linenumbers	true
collapse	true

 #!/bin/bash

#PBS -q gpu
#PBS -l select=1:ncpus=8:ngpus=1:mem=10GB

# pozovi modul
module load scientific/tensorflow/2.10.1-ngc

# pomakni se u direktorij gdje se nalazi skripta
cd ${PBS_O_WORKDIR:-""}

# potjeraj skriptu
run-singlenode.sh singlegpu.py

Code Block

language	py
title	singlegpu.py
linenumbers	true
collapse	true

 #!/usr/bin/env python3

# source:
# - https://github.com/leondgarse/Keras_insightface/discussions/17

import sys
import time
import argparse
import numpy as np
import tensorflow as tf

def main():

    # vars
    batch_size = 256
    samples = 256 * 20
    epochs = 10

    # do not allocate all GPU memory
    gpus = tf.config.experimental.list_physical_devices('GPU')
    for gpu in gpus:
        tf.config.experimental.set_memory_growth(gpu, True)

    # use fp16 for faster inference
    tf.keras.mixed_precision.set_global_policy('mixed_float16')

    # strategy
    gpus = tf.config.experimental.list_physical_devices('GPU')
    devices = [ gpu.name[-5:] for gpu in gpus ]
    strategy = tf.distribute.OneDeviceStrategy(device=devices[0])

    # dataset
    data = np.random.uniform(size=[samples, 224, 224, 3])
    target = np.random.uniform(size=[samples, 1], low=0, high=999).astype("int64")
    dataset = tf.data.Dataset.from_tensor_slices((data, target))
    dataset = dataset.batch(batch_size*strategy.num_replicas_in_sync)

    # define model
    with strategy.scope():
        model = tf.keras.applications.ResNet50(weights=None)
        loss = tf.keras.losses.SparseCategoricalCrossentropy()
        optimizer = tf.optimizers.SGD(0.01)
        model.compile(optimizer=optimizer, loss=loss)

    # fit
    callbacks = []
    model.fit(dataset,
              callbacks=callbacks,
              epochs=epochs,
              verbose=2)

if __name__ == "__main__":
    main()

Više grafičkih procesora na jednom čvoru

Code Block

language	bash
title	multigpu-singlenode.sh
linenumbers	true
collapse	true

 #!/bin/bash

#PBS -q gpu
#PBS -l select=1:ncpus=16:ngpus=2:mem=10GB

# pozovi modul
module load scientific/tensorflow/2.10.1-ngc

# pomakni se u direktorij gdje se nalazi skripta
cd ${PBS_O_WORKDIR:-""}

# potjeraj skriptu
run-singlenode.sh multigpu-singlenode.py

Code Block

language	py
title	multigpu-singlenode.py
linenumbers	true
collapse	true

 #!/usr/bin/env python3

# source:
# - https://github.com/leondgarse/Keras_insightface/discussions/17

import sys
import time
import argparse
import numpy as np
import tensorflow as tf

def main():

    # vars
    batch_size = 256
    samples = 256 * 20
    epochs = 10

    # do not allocate all GPU memory
    gpus = tf.config.experimental.list_physical_devices('GPU')
    for gpu in gpus:
        tf.config.experimental.set_memory_growth(gpu, True)

    # use fp16 for faster inference
    tf.keras.mixed_precision.set_global_policy('mixed_float16')

    # strategy
    gpus = tf.config.experimental.list_physical_devices('GPU')
    devices = [ gpu.name[-5:] for gpu in gpus ]
    strategy = tf.distribute.MirroredStrategy(devices=devices)

    # dataset
    data = np.random.uniform(size=[samples, 224, 224, 3])
    target = np.random.uniform(size=[samples, 1], low=0, high=999).astype("int64")
    dataset = tf.data.Dataset.from_tensor_slices((data, target))
    dataset = dataset.batch(batch_size*strategy.num_replicas_in_sync)

    # define model
    with strategy.scope():
        model = tf.keras.applications.ResNet50(weights=None)
        loss = tf.keras.losses.SparseCategoricalCrossentropy()
        optimizer = tf.optimizers.SGD(0.01)
        model.compile(optimizer=optimizer, loss=loss)

    # fit
    callbacks = []
    model.fit(dataset,
              callbacks=callbacks,
              epochs=epochs,
              verbose=2)

if __name__ == "__main__":
    main()

Više grafičkih procesora na više čvorova

Warning
Pri definiranju traženih resursa, potrebno je osigurati jednak broj grafičkih procesora po čvoru.

Code Block

language	bash
title	multigpu-multinode.sh
linenumbers	true
collapse	true

#!/bin/bash

#PBS -q gpu
#PBS -l select=2:ncpus=8:ngpus=2:mem=10GB
#PBS -l place=scatter

# pozovi modul
module load scientific/tensorflow/2.10.1-ngc

# pomakni se u direktorij gdje se nalazi skripta
cd ${PBS_O_WORKDIR:-""}

# potjeraj skriptu
run-multinode.sh multigpu-multinode.py

Code Block

language	py
title	multigpu-multinode.py
linenumbers	true
collapse	true

 #!/usr/bin/env python3

# source:
# - https://github.com/leondgarse/Keras_insightface/discussions/17

import os
import sys
import time
import socket
import argparse
import numpy as np
import tensorflow as tf

def main():

    # vars
    batch_size = 256
    samples = 256*20
    epochs = 10

    # do not allocate all GPU memory
    gpus = tf.config.experimental.list_physical_devices('GPU')
    for gpu in gpus:
        tf.config.experimental.set_memory_growth(gpu, True)

    # use fp16 for faster inference
    tf.keras.mixed_precision.set_global_policy('mixed_float16')

    # strategy
    communication_options = tf.distribute.experimental.CommunicationOptions(
        implementation=tf.distribute.experimental.CommunicationImplementation.NCCL)
    strategy = tf.distribute.MultiWorkerMirroredStrategy(
        communication_options=communication_options)

    # dataset
    data = np.random.uniform(size=[samples, 224, 224, 3])
    target = np.random.uniform(size=[samples, 1], low=0, high=999).astype("int64")
    dataset = tf.data.Dataset.from_tensor_slices((data, target))
    dataset = dataset.batch(batch_size*strategy.num_replicas_in_sync)

    # define model
    with strategy.scope():
        model = tf.keras.applications.ResNet50(weights=None)
        loss = tf.keras.losses.SparseCategoricalCrossentropy()
        optimizer = tf.optimizers.SGD(0.01)
        model.compile(optimizer=optimizer, loss=loss)

    # fit
    callbacks = []
    verbose = 2 if os.environ['PMI_RANK'] == '0' else 0
    model.fit(dataset,
              callbacks=callbacks,
              epochs=epochs,
              verbose=verbose)

if __name__ == "__main__":
    main()

Padobran

Ispod se nalaze primjeri aplikacija umjetnog benchmarka koji testira performanse na modelu Resnet50.

Primjeri su redom:

singlenode.* - skripte za pokretanje na jednom čvoru

Jedan čvor

Code Block

language	bash
title	singlenode.sh
linenumbers	true
collapse	true

#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=32
#PBS -l mem=50GB

# dopremi modul
module load scientific/tensorflow/2.12.0

# postavi broj cpu jezgri
export OMP_NUM_THREADS=${NCPUS}
export TF_NUM_INTEROP_THREADS=${NCPUS}
export TF_NUM_INTRAOP_THREADS=${NCPUS}

# pomakni se u direktorij i pokreni
cd ${PBS_O_WORKDIR}
python singlenode.py

Code Block

language	py
title	singlenode.py
linenumbers	true
collapse	true

import sys
import time
import argparse
import numpy as np
import tensorflow as tf

def main():

    # vars
    batch_size = 16
    samples = 16*10
    epochs = 3

    # dataset
    data = np.random.uniform(size=[samples, 224, 224, 3])
    target = np.random.uniform(size=[samples, 1], low=0, high=999).astype("int64")
    dataset = tf.data.Dataset.from_tensor_slices((data, target))
    dataset = dataset.batch(batch_size)

    # define model
    model = tf.keras.applications.ResNet50(weights=None)
    loss = tf.keras.losses.SparseCategoricalCrossentropy()
    optimizer = tf.optimizers.SGD(0.01)
    model.compile(optimizer=optimizer, loss=loss)

    # fit
    callbacks = []
    model.fit(dataset,
              callbacks=callbacks,
              epochs=epochs,
              verbose=1)

if __name__ == "__main__":
    main()

Napomene

Note

title	Apptainer i run-singlenode.sh

Ova knjižnica je dostavljena u obliku kontejnera, zbog opterećenja koje pip/conda virtualna okruženja stvaraju na Lustre dijeljenim datotečnim sustavima.

Za ispravno izvršavanje python aplikacija, potrebno ih je koristiti wrappere run-singlenode.sh ili run-multinode.sh u skriptama sustava PBS:

Code Block
... run-singlenode.sh moja_python_skripta.py ...

Warning

title	Korištenje više grafičkih procesora

Tensorflow ne raspodjeljuje automatski aplikaciju na više grafičkih procesora.

Pri razvoju aplikacije, bitno je koristiti odgovarajuće funkcionalnosti poput primjera iznad:

Code Block

language	py
title	MirroredStrategy primjer
linenumbers	true

...
strategy = tf.distribute.MirroredStrategy()
with strategy.scope():
	model = ... definirati model ...
	model.compile()

Space shortcuts

Page tree

Versions Compared

Old Version 14

New Version 15

Key

Opis

Verzije

Dokumentacija

Supek

Jedan grafički procesor

Više grafičkih procesora na jednom čvoru

Više grafičkih procesora na više čvorova

Padobran

Jedan čvor

Napomene

Space shortcuts

Page tree

Page History

Versions Compared

Old Version 14

New Version 15

Key

Opis

Verzije

Dokumentacija

Supek

Jedan grafički procesor

Više grafičkih procesora na jednom čvoru

Više grafičkih procesora na više čvorova

Padobran

Jedan čvor

Napomene