Osnovno

NAMD (engl. Nanoscale Molecular Dynamics) je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku, a koristi se za simuliranje velikih biomolekula, poput proteina, nukleinskih kiselina i membrana. Više možete pročitati na službenim stranicama.

NAMD je na računalnom klasteru Isabella kompajliran s Intelovim kompajlerom, a koristi paralelizaciju na razini threadova, odnosno ne može se širiti izvan jednog fizičkog stroja.

Moduli

Dostupne verzije s pripadajućim modulima

https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

Dostupne verzije su:

Primjer

...

Jednostavan primjer simulacije ATP-aze F tipa, sa svim potrebnim datotekama možete preuzeti u obliku .zip arhive.

Temeljne konfiguracijske postavke NAMD simulacije u nalaze se u .namd datoteci.

Primjer SGE skripte, a koja se nalazi i u gore spomenut .zip arhivi dan je niže:

Code Block
language bash title run.sge linenumbers true
#!/bin/bash #$ -pe *mpisingle 4 #$ -N namd #$ -j y #$ -cwd
Code Block
module load NAMD/2.13-intel namd2 +p${NSLOTS} +setcpuaffinity ${1}

U ovom slučaju, SGE skripta prima jedan argument, a to je već spomenuta konfiguracijska .namd datoteka.

Code Block
language bash
qsub run.sge f1atpase.namd

Warning
title Važno
Koristiti Obavezno koristite paralelnu okolinu mpisingle kako bi sve zatražene jezgre bile dodijeljene na istom fizičkom čvoru.

...