Korištenje
Dostupne verzije
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 1.0.6 | bioinfo/deepARG |
| Info | ||
|---|---|---|
| ||
Zbog nemogućnosti postavljanja limita na resurse i mogućeg smetanja/zauzimanja resursa drugima, potrebno je cijeli čvor zauzet sa *mpifull. |
...
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash #$ -N deepARG-SRP #$ -pe *a16-mpifull 2816 #$ -cwd module load bioinfo/deepARG deeparg short_reads_pipeline --forward_pe_file F.fq.gz --reverse_pe_file R.fq.gz --output_file reads -d $DEEPARGDB --bowtie_16s_identity 100 |
...
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash #$ -N deepARG-predict #$ -pe *a16-mpifull 2816 #$ -cwd module load bioinfo/deepARG deeparg predict --model LS -i ORFs.fa -o test/pred -d $DEEPARGDB --type nucl --min-prob 0.8 --arg-alignment-identity 30 --arg-alignment-evalue 1e-10 --arg-num-alignments-per-entry 1000 |
...