...
Dostupne su verzije: MPI i hibridna verzija (raxmlHPC-MPI-AVX2 i raxmlHPC-HYBRID-AVX2). Sa MPI verzijom moguće je širiti aplikaciju na više od jednog čvora (bez threadinga), dok je u hibridnoj verziji obavezno koristiti threading opciju (definira se sa -T 2 →minimum) i posao treba zadržati na jednom čvoru. O optimalnom korištenju aplikacije moguće je saznati više na https://cme.h-its.org/exelixis/pubs/Exelixis-RRDR-2010-3.pdf.
...
Primjer korištenja hibridne verzije (umnožak -np i -T mora biti jednak broju zatraženih jezgri i obavezan mpisingle!):
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#!/bin/bash #$ -N test_raxml_hybrid #$ -cwd #$ -pe p28-mpisingle 20 module load bioinfo/raxml/8.2.12 mpirun -np 4 raxmlHPC-HYBRID-AVX2 -T 5 -f a -x 648814 -p 648814 -N 1000 -m PROTGAMMAIPMBF -k -O -o Telestes_Souffia -n combinedFastaFINALraxml.tre -s /home/imitrovi/spojeni_fna/combinedFastaFINAL.msa -w /home/imitrovi/spojeni_fna/output_dir |
...