...
| Verzija | Modul |
| 1.1.0 | g_mmpbsa/1.1.0 |
Primjer korištenja
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
4
module load g_mmpbsa/1.1.0 |
...
...
g_mmpbsa -f input.xtc -s input.tpr -n input.ndx -i input.mdp <arg>
|
Praktični primjer
Izračun slobodne Gibbsove energije kompleksa HIV-1 proteaze i inhibitora BEA388
...
Ulazne tj. input podatke za primjere niže možete preuzeti u zip arhivi.mmpbsa.sge
...
...
...
...
...
...
...
...
...
module load g_mmpbsa/1.1.0 |
...
...
echo 1 13 | g_mmpbsa -f 1EBZ.xtc -s 1EBZ.tpr -n 1EBZ.ndx -i ../pbsa.mdp -pdie 2 -pbsa -decomp |
...
python MmPbSaStat.py -bs -nbs 2000 -m energy_MM.xvg -p polar.xvg -a apolar.xvg |