...

#!/bin/bash

#$ -N lammps
#$ -cwd
#$ -pe *mpi 8

export OMP_NUM_THREADS=1
module load lammps/23Jun2022

mpirun -np ${NSLOTS} lmp -sf intel -in in.chain -pk intel 0 mode double

Općenito

LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) standardna je računalno-kemijska aplikacija za provođenja izračuna molekulske dinamikue s naglaskom na modeliranje materijala. Aplikacija ima sposobnost simulacija materijala u čvrstom stanju (poput metala i poluvodiča), ali i biomolekula te polimera.

Razvojni tim je opisuje kao "paralelni simulator" čestica na atomskoj, mezo- ili kontinuumskoj razini.

LAMMPS može raditi na pojedinačnim (jednojezgrenim) procesorima ili paralelno (na višejezgrenim procesorima) koristeći MPI standard razmjene poruka između procesa te koristeći prostornu dekompoziciju simulacijske domene.

Verzija LAMMPS-a dostupna na računalnom klasteru Isabella kompajlirana je Intelovim C/C++ i Fortran kompajlerima te koristi Open MPI knjižnice.

Moduli

Moduli koji dopremaju LAMMPS u vašu okolinu definirani su u tablici niže:

...

Primjer korištenja

Ulazne tj. input podatke za primjere niže možete preuzeti u zip arhivi.

Primjer serijskog izvođenja

run.sge

Primjer paralelnog izvođenja

run.sge

Praktični primjer

Simulacija molekulske dinamike elektrolita (vodena otopina natrijevog klorida) omeđenog ugljikovim stijenkama

...