...
Korištenje
Dostupne verzije su:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 2.41 | stacks/2.41 |
| 2.62 | stacks/2.62 |
Primjer korištenja skripte za opis poslova:
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash
#$ -N denovo-test
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 4
module load stacks/2.62
denovo_map.pl -T $NSLOTS --samples clean --popmap clean/popmap_mackerel.txt -o clean/denovo_M4 --min-populations 2 --min-samples-per-pop 0.75 -X "populations: --structure --plink" -X "ustacks: -M 4 -N 0 --disable-gapped" |
Instalacija:
- compile je izveden sa intel/2020
- preduvjet je učitan htslib i gcc
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
tar -xvf stacks-2.62.tar.gz
cd stacks-2.62/
module load intel/2020
module load htslib/1.15.1
module load gcc/9
./configure --prefix=/home/mhrzenja/STACKS CC=icc CXX=icpc #prefix ostaje u denovo_map.pl i
make
make install |